Original Article

  • 2019)
    • Quy,PN., Kanai, M., Fukuyama, K., Kou, T., Kondo, T., Yamamoto, Y., Matsubara, J., Hiroshima, A., Mochizuki, H., Sakuma, T., Kamada, M., Nakatsui, M., Eso, Y., Seno, H., Masui, T., Masui, K., Minamiguchi, S., Matsumoto, S., Muto, M.”Association between preanalytical factors and tumor mutational burden estimated by next-generation sequencing-based multiplex gene panel assay” The Oncologist first published June,11, 2019
    • Ikemura, S., Yasuda, H., Matsumoto, S., Kamada, M., Hamamoto, J., Masuzawa, K., Kobayashi, K., Manabe, T., Arai, D., Nakachi, I., Kawada, I., Ishioka, K., Nakamura, M., Namkoong, H., Naoki, K., Ono, F., Araki, M., Kanada, R., Ma, B., Hayashi, Y., Mimaki, S., Yoh, K., Kobayashi, S., Kohno, T., Okuno, Y., Goto, K., Tsuchihara, K., and Soejima, K. “Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations” PNAS  first published May, 1, 2019.
    • Ikeda, A., Funakoshi, E., Araki, M., Ma, B., Karuo, Y., Tarui, A., Sato, K., Okuno, Y., Kawai, K., Omote, M. “Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions” Bioorg. Med. Chem., 7, 1789–1794, 2019.
    • Okada, K., Araki, M., Sakashita, T., Ma, B., Kanada, R., Yanagitani, N., Horiike, A., Koike, S., Oh-hara, T., Watanabe, K., Tamai, K., Maemondo, M., Nishio, M., Ishikawa, T., Okuno, Y., Fujita, N., Katayama, R. “Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance” EBioMedicine, 41, 105-119, 2019.
    • Shiraishi, A., Okuda, T., Miyasaka, N., Osugi, T., Okuno, Y., Inoue, J., Satake, H. ”Repertoires of G protein-coupled receptors for Ciona-specific neuropeptides” PNAS published ahead of print April 1, 2019.
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    • Mizumoto, A., Ohashi, S., Kamada, M., Saito, T., Nakai, Y., Baba, K., Hirohashi, K., Mitani, Y., Kikuchi, O., Matsubara, J., Yamada, A., Takahashi, T., Lee, H., Okuno, Y., Kanai, M., and Muto, M. “Combination treatment with highly absorbable nanoparticular curcumin and NQO1 inhibitor exhibits potent antitumor effects on esophageal squamous cell carcinoma” J. of Gastroenterology, Online published on 08 Feb, 2019.
    • Yamada, K., Sato, H., Sakamaki, K., Kamada, M., Okuno, Y., Fukuishi, N., Furuta, K., and Tanaka, S. “Suppression of IgE-Independent Degranulation of Murine Connective Tissue-Type Mast cells by Dexamethasone” Cells, 8(2), E112, 2019.
    • Terayama, K., Tamura, R., Nose, Y., Hiramatsu, H., Hosono, H., Okuno, Y., Tsuda, K. “Efficient Construction Method for Phase Diagrams Using Uncertainty Sampling” Physical Review Materials, accepted on 26 Jan, 2019.
  • 2018)
    • Noda,Y., Kuzuya, A., Tanigawa, K., Araki, M., Kawai, R., Ma, B., Sasakura, Y., Maesako, M., Tashiro, Y., Miyamoto. M., Uemura, K., Okuno, Y., Kinoshita, A. “Fibronectin type Ⅲ domain-containing protein 5 interacts with APP and decreases amyloid β production in Alzheimer’s disease” Molecular Brain 11:61, 2018.   
    • Araki, M., Iwata, H., Ma, B., Fujita, A., Terayama, K., Sagae, Y., Ono, F., Tsuda, K., Kamiya, N., Okuno, Y. “Improving the accuracy of protein-ligand binding mode prediction using a molecular dynamics-based pocket generation approach,” J. Comput. Chem. 39(32), 2679-2689, 2018.
    • Terayama, K., Yamashita, T., Oguchi, T., Tsuda, K. “Fine-grained optimization method for crystal structure prediction” npj Computational Materials, 4(32), 2018. 
    • Tamada, Y. Memory Efficient Parallel Algorithm for Optimal DAG Structure Search using Direct Communication. Journal of Parallel and Distributed Computing, 119, 27-35, 2018. 
    • Kawai, R.*Araki, M.*, Yoshimura, M., Kamiya, N., Ono, M., Saji, H., Okuno, Y. “Core Binding Site of a Thioflavin-T-Derived Imaging Probe on Amyloid β Fibrils Predicted by Computational Methods” ACS Chem. Neurosci., 9(5), 957-966, 2018. 
    • Nakaoku, T., Kohno T.*, Araki M., Niho, S., Chauhan, R., Knowles, P.P.,  Tsuchihara, K., Matsumoto, S., Shimada, Y., Mimaki, S., Ishii, G., Ichikawa, H., Nagatoishi, S., Tsumoto, K., Okuno, Y., Yoh, K., McDonald, N.Q., Goto, K. “A secondary RET mutation in the activation loop conferring resistance to vandetanib” Nature Communications, 9(1), 625, 2018.
  • 2017)
    • Murakami, R., Matsumura, N., Brown, J.B., Higasa, K., Tsutsumi, T., Kamada, M., Abou-Taleb, H., Hosoe, Y., Kitamura, S., Yamaguchi, K., Abiko, K., Hamanishi, J., Baba, T., Koshiyama, M., Okuno, Y., Yamada, R., Matsuda, F., Konishi, I., Mandai, M. Exome Sequencing Landscape Analysis in Ovarian Clear Cell Carcinoma Shed Light on Key Chromosomal Regions and Mutation Gene Networks. Am J Pathol 187(10), 2246-2258, 2017. 
    • Fujita, K., Taneishi, K., Inamoto, T., Ishizuya, Y., Takada, S., Tsujihata, M., Tanigawa, G., Minato, N., Nakazawa, S., Takada, T., Iwanishi, T., Uemura, M., Okuno, Y., Azuma, H., Norio, N. “Adjuvant chemotherapy improves survival of patients with high-risk upper urinary tract urothelial carcinoma: a propensity score-matched analysis”BMC Urol. 17(1), 110, 2017. 
    • Murakami, R., Matsumura, N., Brown, J.B., Higasa, K., Tsutsumi, T., Kamada, M., Abou-Taleb, H., Hosoe, Y., Kitamura, S., Yamaguchi, K., Abiko, K., Hamanishi, J., Baba, T., Koshiyama, M., Okuno, Y., Yamada, R., Matsuda, F., Konishi, I., Mandai, M. Exome Sequencing Landscape Analysis in Ovarian Clear Cell Carcinoma Shed Light on Key Chromosomal Regions and Mutation Gene Networks. Am J Pathol 187, 2246-2258, 2017. doi: 10.1016/j.ajpath.2017.06.012
    • Terayama, K., Iwata, H., Araki, M., Okuno, Y., Tsuda, K. “Machine Learning Accelerates MD-based Binding-Pose Prediction between Ligands and Proteins” Bioinformatics. 34(5), 770-778, 2018.
    • Uneno, Y., Taneishi, K., Kanai, M., Okamoto, K., Yamamoto, Y., Yoshioka, A., Hiramoto, S., Nozaki, A., Nishikawa, Y., Yamaguchi, D., Tomono, T., Nakatsui, M., Baba, M., Morita, T., Mataumoto, S., Kuroda, T., Okuno, Y., Muto, M. “Development and validation of a set of six adaptable prognosis prediction (SAP) models based on time-series real-world big data analysis for patients with cancer receiving chemotherapy: A multicenter case crossover study” PloS One. 12(8),2017. 
    • Kiyan, W., Ito, A., Nakagawa, Y., Mukai, S., Mori, K., Arai, T., Uchino, E,, Okuno, Y., Kuroki, H. “Relationships Between Quantitative Pulse-Echo Ultrasound Parameters from the Superficial Zone of the Human Articular Cartilage and Changes in Surface Roughness, Collagen Content or Collagen Orientation Caused by Early Degeneration” Ultrasound.Med.Biol. 43(8), 1703-1715, 2017.
    • Bekker, G., Kamiya, N., Araki, M., Fukuda, I., Okuno, Y., Nakamura, H. “Accurate prediction of complex structure and affinity for a flexible protein receptor and its inhibitor” J. Chem. Theory Comput. 13(6), 2389–2399, 2017.
    • Kou, T., Kanai, M., Yamamoto, Y., Kamada, M., Nakatsui, M., Sakuma, T., Mochizuki, H., Hiroshima, A., Sugiyama, A., Nakamura, E., Miyake, H., Minamiguchi, S., Takaori, K., Matsumoto, S., Haga, H., Seno, H., Kosugi, S., Okuno, Y., Muto, M. “Clinical sequencing using a next-generation sequencing-based multiplex gene assay in patients with advanced solid tumors” Cancer Science 108(7), 1440-1446, 2017.
    • Uchibori, K., Inase, N., Araki, M., Kamada, M., Sato, S., Okuno, Y., Fujita, N., Katayama, R.Brigatinib combined with anti-EGFR antibody overcomes osimertinib resistance in EGFR-mutated non-small-cell lung cancer” Nature  Communications. 8, 14768, 2017.
  • 2016)
    • Hamanaka, M., Taneishi, Kei., Iwata, H., Ye, J., Pei, J., Hou, J., Okuno, Y. “CGBVS-DNN: prediction of  compound-protein Interactions based on deep learning” Mol. Inf., 36(1-2), 2016.
    •  Araki, M., Kamiya, N., Sato, M., Nakatsui, M., Hirokawa, T., Okuno, Y., The effect of conformational flexibility on binding free energy estimation between kinases and their Inhibitors Journal of Chemical Information and Modeling. 56(12), 2445-2456, 2016.
    •  Nishikawa, Y., Kanai, M., Narahara, M., Tamon, A., Brown, J.B., Taneishi, K., Nakatsui, M., Okamoto, K., Uneno, Y., Yamaguchi, D., Tomono, T., Mori, Y., Matsumoto, S., Okuno, Y., Muto, M. “Association between UGT1A1*28*28 genotype and lung cancer in the Japanese population” Int. J. Clin. Oncol., 2016 Nov.
  • 2015)
    • Kikuchi, O., Ohashi, S., Nakai, Y., Nakagawa, S., Matsuoka, K., Kobunai, T., Takechi, T., Amanuma, Y., Yoshioka, M., Ida, T., Yamamoto, Y., Okuno, Y., Miyamoto, S., Nakagawa, H., Matsubara, K., Chiba, T., Muto, M. Novel 5-fluorouracil-resistant human esophageal squamous cell carcinoma cells with dihydropyrimidine dehydrogenase overexpression Am. J. Cancer Res. 5(8), 2431-2440, 2015.
    • Kimura, G., Kadoyama, K., Brown, J.B., Nakamura, T., Miki, I., Nisiguchi, K., Sakaeda, T., Okuno, Y. “Antipsychotics-associated serious adverse events in children: An analysis of the FAERS database” Int. J. Med. Sci. 12(2), 135-140, 2015.
    • Kawasaki, K., Kondoh, E., Chigusa, Y., Ujita, M., Murakami, R., Mogami, H., Brown, J.B., Okuno, Y., Konishi, I. “Reliable pre-eclampsia pathways based on multiple independent microarray data sets” Molecular Human Reproduction 21(2), 217-224, 2015.
  • 2014)
    • Katayama, R., Friboulet, L., Koike, S., Lockerman, E.L., Khan, T.M., Gainor, J.F., Iafrate, A.J., Takeuchi, K., Taiji, M., Okuno, Y., Fujita, N., Engelman, J.A., Shaw, A.T. Two novel ALK mutations mediate acquired resistance to the next-generation ALK inhibitor Alectinib” Clinical Cancer Research 20(22), 5686-5696, 2014.
    • Brown, J.B., Nakatsui, M.Okuno, Y. “Constructing a foundational platform driven by Japan’s K supercomputer for next-generation drug design” Molecular Informatics 33, 732-741, 2014.
    • Aoyama, A., Katayama, R., Oh-hara, T., Sato, S., Okuno, Y., Fujita, N. “Tivantinib (ARQ 197) exhibits antitumor activity by directly interacting with tubulin and overcomes ABC transporter-mediated drug resistance” Molecular Cancer Therapeutics 13(12), 2978-2990, 2014.
    • Sakaeda, T., Kadoyama, K., Minami, K., Okuno, Y. “Commonality of drug-associated adverse events detected by 4 commonly used data mining algorithms” Int. J. Med. Sci. 11(5), 461-465, 2014.
    • Brown, J.B., Okuno, Y., Marcou, G., Varnek, A., Horvath, D. “Computational chemogenomics: Is it more than inductive transfer?” J. Comput. Aided Mol. Des. 28(6), 597-618, 2014.
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    • Nakazawa, S., Sakanaka, M., Furuta, K., Natsuhara, M., Takano, H., Tsuchiya, S., Okuno, Y., Ohtsu, H., Nishibori, M., Thurmond, R.L., Hirasawa, N., Nakayama, K., Ichikawa, A., Sugimoto, Y., Tanaka, S. “Histamine synthesis is required for granule maturation in murine mast cells” Eur. J. Immunol. 44(1), 204-214, 2014.
  • 2013)
    • Yamaguchi, Y., Suzuki, T., Mizoro, Y., Kori, H., Okada, K., Chen, Y., Fustin, J.M., Yamazaki, F., Mizuguchi, N., Zhang, J., Dong, X., Tsujimoto, G., Okuno, Y., Doi, M., Okamura, H. “Mice genetically deficient in vasopressin V1a and V1b receptors are resistant to jet lag” Science, 342(6154), 85-90, 2013.
    • Sakaida, M., Sukeno, M., Imoto, Y., Tsuchiya, S., Sugimoto, Y., Okuno, Y., Segi-Nishida, E. “Electroconvulsive seizure-induced changes in gene expression in the mouse hypothalamic paraventricular nucleus” J Psychopharmacology, 27(11), 1058-1069, 2013.
    • Kobayashi, D., Hosaka, S., Inoue, E., Ohshima, K., Kutsuma, N., Oshima, S., Okuno, Y. “Quantitative Evaluation of Initial Symptoms as Predictors to Detect Adverse Drug Reactions Using Bayes’ Theory: Expansion and Evaluation of Drug-Adverse Drug Reaction-Initial Symptom Combinations Using Adverse Event Reporting System Database” Biol. Pharm. Bull., 36(12), 1891 -1901, 2013
    • Shiraishi, A., Niijima, S., Brown, J.B., Nakatsui, M., Okuno, Y. “Chemical genomics approach for GPCR-ligand interaction prediction and extraction of ligand binding determinants” J. Chem. Inf. Model., 53(6), 1253-1262, 2013.
    • Murakami, H., Sakaeda, T., Kadoyama, K., Okuno, Y. “Gender Effects on Statin-Associated Muscular Adverse Events: An Analysis of the FDA AERS Database” Pharmacology & Pharmacy, 4, 340-346, 2013.
    • Seki, S., Okuno, Y. “On the behavior of tile assembly model at high temperatures” Computability, 2(2), 107-124, 2013.
    • Fazekas, S.Z., Ito, H., Okuno, Y., Seki, S., Taneishi, K. “On computational complexity of graph inference from counting” Natural Computing, 12(4), 589-603, 2013.
    • Yoshimura, K., Kadoyama, K., Sakaeda, T., Sugino, Y., Ogawa, O., Okuno, Y. “A Survey of the FAERS Database Concerning the Adverse Event Profiles of α1-Adrenoreceptor Blockers for Lower Urinary Tract Symptoms” Int. J. Med. Sci., 10(7), 864-869, 2013.
    • Segi-Nishida, E., Sukeno, M., Imoto, Y., Kira, T., Sakaida, M., Tsuchiya, S., Sugimoto, Y., Okuno, Y. “Electroconvulsive seizures activate anorexigenic signals in the ventromedial nuclei of the hypothalamus” Neuropharmacology, 71C, 164-173, 2013.
  • 2012)
    • Brown J.B., Niijima S., Shiraishi A., Nakatsui M., Okuno Y. “Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: A comparative study” IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) Workshop on Pharmaco-informatics for Drug Discovery (PIDD), 136-142, 2012.
    • Niijima, S., Shiraishi, A., Okuno, Y. “Dissecting kinase profiling data to predict activity and understand cross-reactivity of kinase inhibitors” J. Chem. Inf. Model., 52, 901-912, 2012.
    • Fazekas, S.Z., Ito, H., Okuno Y., Seki S., Taneishi K. “On computational complexity of graph inference from counting” Natural Computing, DOI 10.1007/s11047-012-9349-2, 2012.
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    • Tamura T., Sakaeda T, Kadoyama K, Okuno, Y. “Omeprazole- and esomeprazole-associated hypomagnesaemia: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system” Int. J. Med. Sci., 9, 322-326, 2012.
    • Kadoyama, K., Sakaeda, T., Tamon, A., Okuno, Y. “Adverse event profile of tigecycline: Data mining of the public version of the U.S. Food and Drug Administration adverse event reporting system” Biol. Pharm. Bull., 35, 967-970, 2012.
    • Minowa, Y., Kondo, C., Uehara, T., Morikawa, Y., Okuno, Y., Nakatsu, N., Ono, A., Maruyama, T., Kato, I., Yamate, J., Yamada, H., Ohno, Y., Urushidani, T. “Toxicogenomic multigene biomarker for predicting the future onset of proximal tubular injury in rats” Toxicology, 297, 47-56, 2012.
    • Sakaeda, T., Kadoyama, K., Okuno, Y. “Statin-associated Muscular and Renal Adverse Events: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system” PLoS ONE, 6(12), e28124, 2012.
    • Katoh-Fukui, Y., Miyabayashi, K., Komatsu, T., Owaki, A., Baba, T., Shima, Y., Kidokoro, T., Kanai, Y., Schedl, A., Wilhelm, D., Koopman, P., Okuno, Y., Morohashi, K. “Cbx2, a polycomb group gene, is required for sry gene expression in mice” Endocrinology, 153(2), 913-24, 2012.
    • Kadoyama, K., Miki, I., Tamura, T., Brown, J.B., Sakaeda, T., Okuno, Y. “Adverse event profiles of 5-fluorouracil and capecitabine: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations” Int. J. Med. Sci., 9, 33-39, 2012.
  • 2011)
    • Yabuuchi, H., Niijima, S., Takematsu, H., Ida, T., Hirokawa, T., Hara, T., Ogawa, T., Minowa, Y., Tsujimoto, G., Okuno, Y. Analysis of multiple compound-protein interactions reveals novel bioactive molecules” Molecular Systems Biology, 7, 472, 2011.
    • Niijima, S., Yabuuchi, H., Okuno, Y. Cross-target view to feature selection: identification of molecular interaction features in ligand-target spaceJ. Chem. Inf. Model., 51, 15-24, 2011.
    • Sakaeda, T., Kadoyama, K., Tamon, A., Okuno, Y.Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS: Colistin-associated adverse events” Jpn. J. Chemother., 59, 610-613, 2011.
    • Sakaeda, T., Kadoyama, K., Okuno, Y. “Adverse event profiles of platinum agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations” Int. J. Med. Sci., 8, 487-491, 2011.
    • Kadoyama, K., Kuwahara, A., Yamamori, M., Brown, J.B., Sakaeda, T., Okuno, Y. “Hypersensitivity reactions to anticancer agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS” J. Exp. Clin. Cancer Res., 30, 93, 2011.
    • Takematsu, H., Yamamoto, H., Naito-Matsui, Y., Fujinawa, R., Tanaka, K., Okuno, Y., Tanaka, Y., Kyogashima, M., Kannagi, R., Kozutsumi, Y., “Quantitative transcriptomic profiling of branching in a glycosphingolipid biosynthetic pathway” J. Biol. Chem., 286, 27214-27224, 2011.
    • Shibata, M.-A., Iinuma, M., Morimoto, J., Kurose, H., Akamatsu, K., Okuno, Y., Akao, Y., Otsuki, Y. alpha-Mangostin extracted from the pericarp of the mangosteen (Garcinia mangostana Linn) reduces tumor growth and lymph node metastasis in an immunocompetent xenograft model of metastatic mammary cancer carrying a p53 mutation BMC Med., 9, 69, 2011.
    • Sakaeda, T., Kadoyama, K., Yabuuchi, H., Niijima, S., Seki, K., Shiraishi, Y., Okuno, Y. “Platinum agent-induced hypersensitivity reactions: data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS” Int. J. Med. Sci. 8, 332-338, 2011.
  • 2010)
    • Doi, M., Takahashi, Y., Komatsu, R., Yamazaki, F., Yamada, H., Haraguchi, S., Emoto, N., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Kanematsu, A., Ogawa, O., Todo, T., Tsutsui, K., van der Horst, G.T., Okamura, H.Salt-sensitive hypertension in circadian clock-deficient Cry-null mice involves dysregulated adrenal Hsd3b6Nature Medicine, 16, 67-74, 2010.
    • Kusaka, M., Katoh-Fukui, Y., Ogawa, H., Miyabayashi, K., Baba, T., Shima, Y., Sugiyama, N., Sugimoto, Y., Okuno, Y., Kodama, R., Iizuka-Kogo, A., Senda, T., Sasaoka, T., Kitamura, K., Aizawa, S., Morohashi, KI. Abnormal Epithelial Cell Polarity and Ectopic Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Expression Induced in Emx2 KO Embryonic GonadsEndocrinology, 151, 5893-5904, 2010.
    • van der Horst, E., Peironcely, JE., Ijzerman, AP., Beukers, MW., Lane, JR., van Vlijmen, HW., Emmerich, MT., Okuno, Y., Bender, A.A novel chemogenomics analysis of G protein-coupled receptors (GPCRs) and their ligands: a potential strategy for receptor de-orphanization BMC Bioinformatics, 11, 316, 2010.
    • Tamba, S., Yodoi, R., Morimoto, K., Inazumi, T., Sukeno, M., Segi-Nishida, E., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Narumiya, S., Sugimoto, Y. “Expression profiling of cumulus cells reveals functional changes during ovulation and central roles of prostaglandin EP2 receptor in cAMP signaling” Biochimie, 92, 665-675, 2010.
    • Hagihara, M., Yoneda, K., Yabuuchi, H., Okuno, Y., Nakatani, K. A reverse transcriptase stop assay revealed diverse quadruplex formations in UTRs in mRNABioorg. Med. Chem. Lett., 20, 2350-2353, 2010.
    • Terada, N., Shimizu, Y., Kamba, T., Inoue, T., Maeno, A., Kobayashi, T., Nakamura, E., Kamoto, T., Kanaji, T., Maruyama, T., Mikami, Y., Toda, Y., Matsuoka, T., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Narumiya, S., Ogawa, O. “Identification of EP4 as a potential target for the treatment of castration-resistant prostate cancer using a novel xenograft model” Cancer Res., 70, 1606-1615, 2010.
    • Takahashi, J., Hijikuro, I., Kihara, T., Murugesh, M.G., Fuse, S., Kunimoto, R., Tsumura, Y., Akaike, A., Niidome, T., Okuno, Y., Takahashi, T., Sugimoto, H. “Design, synthesis, evaluation and QSAR analysis of N(1)-substituted norcymserine derivatives as selective butyrylcholinesterase inhibitors” Bioorg. Med. Chem. Lett., 20, 1718-1720, 2010.

Review etc.

  • 「臨床データからの創薬」

    佐藤憲明,内野詠一郎,奥野恭史:月刊細胞 51(7)24-272019

  • 「創薬のためのタンパク質構造AI

     大田雅照,池口満徳:月刊細胞 51(7)20-232019

  • AIによる逆合成解析に向けて」

    寺山 慧,石田祥一,奥野恭史:月刊細胞 51(7)12-152019

  • 「標的分子探索,ドラッグリポジショニング,オミクスメカニズム解明」

    田浩明,小島諒介,玉田嘉紀:月刊細胞 51(7)4-72019

  • 「総論 第4次産業革命における創薬イノベーション」

    奥野恭史:月刊細胞 51(7)2-32019

  • 「機械学習を用いた医療データ解析」

    佐藤憲明, 小島諒介,奥野恭史:Medical Science Digest  45(5)23-262019

  • 「計算創薬におけるシミュレーション・機械学習・実験の融合に向けて」

    徳久淳師, 寺山 , 奥野恭史:分子シミュレーション学会誌「アンサンブル」21(2), 115-125, 2019.

  • 「ビッグデータ創薬」

    奥野恭史:「ビッグデータ創薬」最新医学 74(3),62-66,2019.

  • 「医療xAIAIの基礎と医療への応用

    玉田嘉紀, 佐藤憲明, 奥野恭史: 整形・災害外科 62215-2212019

  • 囲碁AIから逆合成解析へ情報科学からのアプローチ

    寺山 慧, 石田祥一, 奥野恭史:化学 74(2), 36-40, 20192月号

  • 「特集:AIと創薬ーコンピュータ支援有機合成の現在」

    松原誠二郎, 寺山 慧, 奥野恭史:MEDCHEM NEWS 28(4), 181-186, 2018. 

  • 非小細胞肺がん(NSCLC)における薬剤耐性獲得メカニズムの予測

    荒木望嗣, 奥野恭史がん分子標的治療 16(3), 53-58, 2018.

  • 疾患レジストリーと知識データベース

    奥野恭史, 中津井雅彦, 鎌田真由美:日本医師会雑誌 第147巻第7, 1395-1399, 平成30101日発行.

  • がんゲノム医療用知識データベース

    中津井雅彦, 鎌田真由美, 奥野恭史:実験医学 増刊 36(15), 36-40, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」
    7.  データベース・計算環境~知識データベース・AI基盤

    長尾知生子, 種石 慶:医薬ジャーナル 54(9), 113-117, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」
    6.  バイオメディカル・基礎から臨床への開発プロセス(2)

    中津井雅彦, 飯塚博美, 新村直哉ほか:医薬ジャーナル 54(9), 109-112, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」
    6.  バイオメディカル・基礎から臨床への開発プロセス(2)

    荒木通啓:医薬ジャーナル 54(9), 105-108, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」
    3.  診断・治療~臨床・診断

    鎌田真由美:医薬ジャーナル 54(9), 73-77, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」

    内野詠一郎, 佐藤憲明, 奥野恭史:医薬ジャーナル 54(9), 69-72, 2018.

  • 特集「人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション」
    序文  ~LINCの設立とAI創薬~

    奥野恭史, 水口賢司, 本間光貴:医薬ジャーナル 54(9), 65-67, 2018.

  • ビッグデータ時代のゲノム創薬

    内野詠一郎、荒木通啓、奥野恭史:分子精神医学 2018年7月号

  • 次世代創薬シミュレーション

    荒木望嗣, 奥野恭史:生体の科学, 金原一郎記念医学医療振興財団, 69(4), 310-314, 2018. 

  • 最先端研究:ビッグデータ解析と分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬

    千葉峻太朗, 荒木望嗣, 奥野恭史:シミュレーション 37(1), 42-49, 2018.

  • AIを用いた創薬の実際と今後の展望

    小島諒介, 奥野恭史:INNERVISION 33(7), 71-73, 2018.

  • 集合知によるAI創薬の展開‐ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

    荒木通啓, 中津井正彦, 奥野恭史:国際医薬品情報 1106, 16-22, 2018.

  • スーパーコンピュータ・人工知能によるインシリコ創薬

    岩田浩明, 荒木望嗣, 奥野恭史:化学工業 69(5), 58-66, 2018.

  • 人工知能を用いた創薬(AI創薬)

    藤原 大, 鎌田真由美, 奥野恭史:癌と化学療法 45(4), 593-596, 2018.

  • AIによる腎生検組織画像の診断支援システム開発

    内野詠一郎, 佐藤憲明, 奥野恭史, 柳田素子:腎臓 40(115), 15-18, 2018.

  • ビッグデータの創薬への応用

    種石 慶, 徳久淳師, 奥野恭史:EPSホールディングス「遥か」Vol.11, 2018

  • スーパーコンピュータが可能にする医療と創薬

    内野詠一郎, 中津井雅彦, 奥野恭史:月刊腎臓内科・泌尿器科  7(2), 160-164, 2018.

  • テレメディシン「遠隔医療の現状と課題:遠隔医療の実現とビッグデータ」

    佐藤憲明, 岩田浩明, 奥野恭史:医学のあゆみ, 医歯薬出版 264(7), 2018.

  • 人工知能と医療のハーモニー「人工知能を用いたビッグデータ創薬」

    藤原 大, 中津井雅彦, 奥野恭史:医学のあゆみ, 医歯薬出版 263(8), 2018.

  • 臨床ビッグデータ解析の展望―実臨床データとゲノム情報への応用

    内野詠一郎, 種石 慶, 中津井雅彦, 鎌田真由美, 荒木望嗣, 奥野恭史:生体医工学 55(4):173-182, 2017.

  • 創薬におけるAIの可能性
    種石 慶, 岩田浩明, 小島諒介, 奥野恭史日本化学会情報化学部会誌, 35(3), 212, 2017

  • Precision Medicine実現に必要なシミュレーション科学とデータ科学(data centric science
    佐藤 憲明, 内野詠一郎, 鎌田真由美, 奥野恭史:腫瘍内科 20(4), 306-312, 2017.

  • 医療ビッグデータ解析による実臨床からの生命科学展開
    中津井雅彦, 種石 慶, 奥野恭史:実験医学 35(1), 2017.

  • スパコン「京」によるインシリコ創薬
    中津井雅彦, 鎌田真由美, 荒木望嗣, 奥野恭史:日本薬理学雑誌 149(6), 281-287, 2017.

  • 網羅的癌関連遺伝子変異検査(OncoPrimeTM)による膵癌ゲノム異常解析と治療への応用

    金井雅史, 高忠之, 松本繁巳, 武藤学, 児玉裕三, 増井俊彦, 高折恭一, 南口早智子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 奥野恭史, 佐久間朋寛, 望月洋明, 広島明宣:  胆と膵 37 9月号 医学図書出版(株), 2016.

  • 生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築
    奥野恭史, BioSupercomputing Newsletter 13, 12-13, 2015.

  • 神戸インシリコ創薬拠点の形成について

  • スパコン創薬から観えるインシリコ創薬の未来

  • スーパーコンピュータ「京」が拓くコンピュータ創薬の未来
    中津井 雅彦, 奥野恭史,情報処理,55(8),836-841,2014.

  • スーパーコンピュータ「京」が拓くコンピュータ創薬の未来

  • コンピュータ創薬の基盤となる計算化学分野の受賞

  • Data Mining of the Public Version of the FDA Adverse Event Reporting System
    Sakaeda, T., Tamon, A., Kadoyama, K., Okuno, Y., Int.J.Med.Sci., 10(7), 796-803, 2013

  • ケモセントリックアプローチ
    新島 聡, CICSJ Bulletin, 30(4), 61-64, 2012

  • ケモゲノミクス:ゲノムからケミカルスペースへ
    奥野 恭史, CICSJ Bulletin, 30(4), 60, 2012

  • 医薬品有害事象データベースを用いたデータマイニング
    五島誠, 奥野 恭史, SAR News, 23, 12-18, 2012

  • Systems biology and systems chemistry: new directions for drug discovery
    Brown, J.B., Okuno, Y., Chem Biol, 19(1), 23-8, 2012

  • Unifying Bioinformatics and Chemoinformatics for Drug Design
    Brown, J.B., Okuno, Y., Systems and Computational Biology — Bioinformatics and Computational Modeling, InTech, 99-120, 2011

  • 医薬品による有害事象の自発報告システム
    栄田敏之, 角山香織, 奥野 恭史, 人工知能学会誌, 26(2), 126-130, 2011

  • 創薬バリューチェインのインシリコ技術を活用した阻害剤開発の試み
    井上 豪, 安達 宏昭, 森 勇介, 高野 和文, 松村 浩由, 村上 聡, 福西 快文, 中村 春木, 木下 誉富, 仲西 功, 奥野 恭史, 南方 聖司, 佐久間 俊広, 高田 俊和, 北島 正人, 福岡 良忠, 坂田 恒昭, 日本結晶学会誌, 52, 89-94, 2010

  • 化合物-タンパク質活性空間における特徴選択
    新島 聡, 奥野 恭史, Technical Reports of the 12th Workshop on Information-Based Induction Sciences (IBIS2009), 37, 2009

  • Biogenesis and Function Mechanisms of Micro-RNAs and Their Role as Oncogenes and Tumor Suppressors
    Tsuchiya, S., Terasawa, K., Kunimoto, R., Okuno, Y., Sato, F., Shimizu, K. and Tsujimoto, G., Systems Biology, Springer, 183-189, 2009

  • New Progress in Crystallization Technology of Membrane Protein and Introduction of Pharamaceutical Innovation Value Chain

    Inoue, T., Adachi, H., Murakami, S., Takano, K., Matsumura, H., Mori, Y., Fukunishi, Y., Nakamura, H., Kinoshita, T., Nakanishi, I., Okuno, Y., Minakata, S., Shimojo, S., Sakata, T., YAKUGAKU ZASSHI, 128(4), 497-505, 2008

  • ケミカルゲノミクス情報を用いた新規リガンド探索手法

    新島 聡, 奥野 恭史, 日本薬理学雑誌, 133:3, 173-174, 2009

  • ケミカル・バイオ情報に基づく創薬インフォマティクス研究

    奥野 恭史, Pharma VISION NEWS, 9, 13-16, 2007


  • スーパーコンピュータと創薬』

    奥野恭史. 高校生向け図集「サイエンスビュー 化学総合資料」P296-297, 実教出版. 2019年3月10日発行.

  • AI導入によるバイオテクノロジーの発展

    徳久淳師、種石 慶、奥野恭史:「創薬におけるビッグデータの可能性」 ()シーエムシー出版 (2018)

  • in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術 

    徳久淳師、金田亮、岩田浩明、馬彪、井阪悠太、奥野恭史(担当項目にて共著). 技術情報協会 (2018)

  • 日本人のためのゲノム医療用AI2018年度中に試行開始

    鎌田真由美、奥野恭史. 週刊医学界新聞、第3254号(2018.1.1

  • 実験医学別冊 あなたのラボにAI(人工知能)×ロボットがやってくる―研究に生産性と創造性をもたらすテクノロジー』 夏目 徹/編.種石 慶,岩田浩明,小島諒介,奥野恭史/著「創薬とAIの良好な関係」(2017)

  • 変貌する医療市場』研究・技術革新・社会実装

    奥野恭史(共著). 監修:木村廣道. かんき出版 (2017)

  • 人工知能・機械学習・ディープラーニング関連技術とその活用

     岩田浩明, 種石慶, 奥野恭史 共著「創薬と人工知能」 (株)情報機構 (2016)

  • ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例』 奥野恭史 共著 技術情報協会 (2014.11.28)

  • スーパーコンピュータ「京」によるビッグデータ創薬』 奥野恭史 共著「ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例」 (株)技術情報協会 (2014)

  • 生命のビッグデータ利用の最前線』 奥野恭史 共著  シーエムシー出版 (2014)

  • 化学便覧 応用化学編 第7版』 奥野恭史 共著  丸善出版(株) (2014)

  • 疾患克服をめざしたケミカルバイオロジー(実験医学増刊)』 奥野恭史 共著   ㈱羊土社

  • シミュレーション辞典』 奥野恭史 共著  ㈱コロナ社 (2012)

  • 最新 創薬インフォマティクス活用マニュアル』 奥野恭史 編集  (株)メディカルドゥ  (2011)

  • Handbook of Systems Toxicology』 奥野恭史 共著  Wiley-Blackwell (2011)

  • 薬学の展望とロードマップ』 奥野恭史 共著  日本薬学会 (2010)

  • 医薬ジャーナル 増刊号 新薬展望2010』 奥野恭史 共著  ㈱医薬ジャーナル社  (2010)

  • 次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線』 奥野恭史 共著  ㈱メディカル・ドゥ (2009)

  • コンピューターで薬を創ろう』 奥野恭史 共著  化学同人 (2009)

  • インシリコ創薬科学  -ゲノム情報から創薬へ-』 奥野恭史 共著・編集  京都廣川書店 (2008)


  • 特願2016-074085

    発明者:奥野恭史, 木下 茂, 土黒一郎, 上田真由美


  • 特願2015-140912

    発明者:奥野恭史, 武藤学, 松本繁巳, 金井雅史, 釆野優, 泰地真弘人, 種石慶


  • 特願2014-532989

    発明者:奥野恭史, 金井千里


  • 特願2012-177572

    発明者:高須 清誠, 奥野恭史, 瀬木恵里, 原貴史, 山本佳宏, 金井千里, 吉川達也, 閨正博, 河野晋哉


  • 特願2012-186072

    発明者:奥野恭史, 金井千里, 吉川達也, 多門啓子


  • 特願2007-53322

    発明者:奥野恭史, 辻本豪三, 国本亮, 寺澤和哉, 土屋創健, 秋山英雄, 妙本明


  • 特願2008-517917

    発明者:奥野恭史, 種石慶, 辻本豪三


  • 公開番号WO2007/139037 A1; PCT/JP2007/060736; 特願2006-147433

    発明者:奥野恭史, 種石慶, 辻本豪三


  • 公開番号WO2007/004479 A;特開2007-11752

    発明者:奥野恭史, 種石慶, 辻本豪三, 梁 智允


  • 特願2005-192675

    発明者:奥野恭史, 辻本豪三, 梁 智允, 種石 慶