• Department of Biomedical Data Intelligence,
    Graduate School of Medicine, Kyoto University

    当研究室では、京大病院の実臨床データを用いた医療ビッグデータ解析・医療シミュレーションや、スーパーコンピュータ「富岳」を用いた創薬シミュレーション・ビッグデータ創薬の新たな方法論開発に取り組み、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指しています。

Drug discovery創薬

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Medical医療

新着情報

  • 2023.12.26 受賞

    奥野教授が、第28回 安藤百福賞で 大賞 を受賞しました。
    受賞テーマ:AI・データサイエンスによるウェルビーイングの創造
    詳細はこちら

  • 2023.12.15 講演

    奥野教授が講演しました。
    第97回薬理学会年会
    2023/12/14 神戸学院大学ポートアイランドキャンパス(兵庫県)
    新薬理学セミナー「富岳の街からの次世代薬理学:AI創薬」

  • 2023.12.04 講演

    奥野教授が講演しました。
    日本内科学会学術集会 第51回内科学の展望
    2023/12/3 那覇文化芸術劇場なはーと(那覇市)
    「データサイエンスの活用による生活習慣病の評価と予防戦略」

  • 2023.10.31 講演

    奥野教授が講演しました。
    第5回KBBM WEB セミナー
    2023/10/30 
    「AI・シミュレーションが拓く創薬の未来」

  • 2023.10.27 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    笹ケ迫 知紀 ,「深層学習に基づく GBMのKPS低下予測モデルの構築」, 第82回 日本脳神経外科学会総会 , 2023/10/27 ,パシフィコ横浜(神奈川)

  • 2023.10.27 受賞

    奥野Gメンバーが受賞しました。
    CBI学会2023年大会

    口頭発表賞
    畑野成美

    Application of Machine Learning Models in Prediction of Disease Therapeutic Target Molecules Using Gene Expression Profiles
    Narumi HATANO, Mayumi KAMADA, Ryosuke KOJIMA, Hiroaki IWATA, Yasushi OKUNO

    ポスター賞
    山本達毅

    Elucidation of Mortality Triggers Using Temporal Predictive Models
    Tatsuki YAMAMOTO, Yuzuha TSUJI , Minoru SAKURAGI , Yuji OKAMOTO , Mayumi KAMADA , Yasushi OKUNO

  • 2023.10.26 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    大田 雅照 ,「「富岳」を機軸とした創薬DXプラットフォームの構築」, 第10回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会 , 2023/10/25-26 ,品川グランドセントラルタワー THE GRAND HALL

  • 2023.10.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    CBI学会2023年大会
    2023/10/25 タワーホール船堀 5F 大ホール(東京都)(オンライン発表)
    招待講演 ビッグデータと創薬 「AIは創薬を変革できるのか」

  • 2023.10.24 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Iwata H, Nakai T, Koyama T, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y,  “A New Molecular Generation Model Combining Deep Learning and Reinforcement Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Ito S, Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y.,  “Exploring Chemical Structural Insight of ADME Properties via Interpretable Deep Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    【口頭発表】

    Yoshizawa T,Ishida S,Sato T,Ohta M,Honma T,Terayama K,”Multi-objective Molecular Structure Generation Using Dynamic Applicability Domains Adaptation.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Hatano N,Kamada M,Kojima R,Iwata H,Okuno Y.,”Application of Machine Learning Models in Prediction of Disease Therapeutic Target Molecules Using Gene Expression Profiles.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Otsuka T, Hasegawa A, Okuno Y. ,”Insight into Federated Learning for Compound-Protein Interaction Prediction”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

  • 2023.10.23 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    内野 詠一郎, 奥野 恭史, 「AIの臨床応用」、BIO Clinica 2023年 11月号 医療におけるデジタルトランスフォーメーションの新展開 , 北隆館 , 38(12) , 1006-1010 , 2023年10月23日

     

  • 2023.10.02 論文

    Yamane T, Nakayama T, Ekimoto T, Inoue M, Ikezaki K, Sekiguchi H, Kuramochi M, Terao Y, Judai K, Saito M, Ikeguchi M, C. Sasaki Y ,Comparison of the Molecular Motility of Tubulin Dimeric Isoforms: Molecular Dynamics Simulations and Diffracted X-ray Tracking Study, International Journal of Molecular Sciences , 2,415,423,2023/10/2, https://www.mdpi.com/1422-0067/24/20/15423

  • 2023.09.30 論文
    Echizen H, Hanaoka K, Shimamoto K, Hibi R, Toma-Fukai S, Ohno H, Sasaki E, Komatsu T, Ueno T, Tsuchiya Y, Watanabe Y, Otsuka T, Saito H, Nagatoishi S, Tsumoto K, Kojima H, Okabe T, Shimizu T, Urano Y,”Discovery of a cystathionine γ-lyase (CSE) selective inhibitor targeting active-site pyridoxal 5′-phosphate (PLP) via Schiff base formation”, Scientific Reports  ,1,316,456,2023/9/30,  https://doi.org/10.1038/s41598-023-43536-6
  • 2023.09.21 論文

    Okamoto R,Kojima R, Nakatsui M , Toward AI-supported evaluation for safety control measures against near-miss events in pharmaceutical products , Safety Science , Volume 168,106314 , 2023/12/1 , doi.org/10.1016/j.ssci.2023.106314

  • 2023.09.11 論文

    Hattori EY, Arakawa Y, Mineharu Y, Furukawa K, Terada Y, Yamao Y, Tanji M, Kikuchi T, Miyamoto S. , Seizure control by adding on other anti-seizure medication on seizure during levetiracetam administration in patients with glioma-related epilepsy.  , BMC Cancer  , 23, 849 , 2023/9/11 , doi.org/10.1186/s12885-023-11273-8

  • 2023.08.23 論文

    Nakamura K, Uchino E, Sato N, Araki A, Terayama K, Kojima R, Murashita K, Itoh K, Mikami T, Tamada Y, Okuno Y , Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning , Journal of Biomedical Informatics , 144,104448 , 2023/8/23 , doi.org/10.1016/j.jbi.2023.104448

  • 2023.08.23 論文

    Matsuoka T, Hattori A, Oishi S, Araki M, Biao Ma, Fujii T, Arichi N, Okuno Y, Kakeya H, Yamasaki S, Ohno H, Inuki S , Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands. , Journal of medicinal chemistry , 66(17),12520–12535 , 2023/8/23 , doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c01122

  • 2023.07.31 論文

    Nojima S#*, Kadoi T, Suzuki A, Kato C, Ishida S, Kido K, Fujita K, Okuno Y, M. Hirokawa, K. Terayama*, Morii E, , Deep-learning-based differential diagnosis of follicular thyroid tumors using histopathological images , Modern Pathology ,100296,2023/7/31, DOI: 10.1016/j.modpat.2023.100296

  • 2023.07.21 論文

    Aya Nakamura, Ryosuke Kojima, Yuji Okamoto, Eiichiro Uchino, Yohei Mineharu, Yohei Harada, Mayumi Kamada, Manabu Muto, Motoko Yanagita, Yasushi Okuno , A New Deep State-Space Analysis Framework for Patient Latent State Estimation and Classification from EHR Time Series Data. , arXiv:2307.11487 , 2023/7/21 , https://doi.org/10.48550/arXiv.2307.11487

  • 2023.07.17 論文

    Koyama T, Matsumoto S, Iwata H, Kojima R, Okuno Y. , Improving Compound–Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples , Journal of Chemical Information and Modeling , , 63, 15 , 4552–4559 , 2023/7/17 , https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.3c00269

  • 2023.07.01 論文

    Hatano N, Kamada M, Kojima R, Okuno Y , Network-based prediction approach for cancer-specific driver missense mutations using a graph neural network. , bioRxiv , 2023/7 , https://doi.org/10.1101/2023.07.05.547896

  • 2023.10.23 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    内野 詠一郎, 奥野 恭史, 「AIの臨床応用」、BIO Clinica 2023年 11月号 医療におけるデジタルトランスフォーメーションの新展開 , 北隆館 , 38(12) , 1006-1010 , 2023年10月23日

     

  • 2023.10.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    荒木望嗣, 「タンパク質の分子動力学シミュレーションに基づく創薬計算技術の開発とゲノム医療分野での応用研究」、SAR News No.45, Cutting Edge, p10-18, 2023年10月1日

     

  • 2023.07.31 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    峯本祥子,奥野恭史 , 第6章 In silicoによるスクリーニングへの応用事例、第11節 スーパーコンピュータ「富岳」によるIn silico創薬 . タンパク質構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例 , 技術情報協会 , No.2206, 2023年7月31日

     

  • 2023.07.31 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    岩田浩明, 第6章 In silicoによるスクリーニングへの応用事例、第6節 ディープラーニングを用いた化合物―タンパク質の相互作用予測 . タンパク質構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例 , 技術情報協会 , No.2206, 2023年7月31日

     

  • 2023.04.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    奥牧人, 山下洋史, 岡本有司, 合原一幸., DNB 理論とその応用, 特集 未病の科学 Ⅰ. 未病の数理研究 生体の科学, 74(2), 96-101., 2023年4月

     

  • 2023.01.25 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    岡本 有司 ,「 医療リソースシミュレーション」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4 , 2023年1月

  • 2023.01.25 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    松本 篤幸 ,「 大規模MD計算によるCOVID-19治療薬探索」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4,2023年1月

  • 2023.01.25 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    総論 COVID-19から学ぶシミュレーションの可能性」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4 ( 2023年1月発行)

  • 2023.01.20 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    松本 篤幸 「クライオ電子顕微鏡計測データからタンパク質の柔らかさを推定するAIシステム「DEFMap」の開発」, クライオ電子顕微鏡ハンドブック  , エヌ・ティー・エス , 第7章第1節 , 2023年1月20日

     

  • 2023.01.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    糀谷泰彦, 小清水宏, 中村和貴, 奥野恭史 「AIと高血圧」 日本臨牀  , 日本臨牀社 , vol.81 , p55-59 , 2023年1月1日

     

  • 2023.10.27 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    笹ケ迫 知紀 ,「深層学習に基づく GBMのKPS低下予測モデルの構築」, 第82回 日本脳神経外科学会総会 , 2023/10/27 ,パシフィコ横浜(神奈川)

  • 2023.10.26 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    大田 雅照 ,「「富岳」を機軸とした創薬DXプラットフォームの構築」, 第10回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会 , 2023/10/25-26 ,品川グランドセントラルタワー THE GRAND HALL

  • 2023.10.24 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Iwata H, Nakai T, Koyama T, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y,  “A New Molecular Generation Model Combining Deep Learning and Reinforcement Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Ito S, Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y.,  “Exploring Chemical Structural Insight of ADME Properties via Interpretable Deep Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    【口頭発表】

    Yoshizawa T,Ishida S,Sato T,Ohta M,Honma T,Terayama K,”Multi-objective Molecular Structure Generation Using Dynamic Applicability Domains Adaptation.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Hatano N,Kamada M,Kojima R,Iwata H,Okuno Y.,”Application of Machine Learning Models in Prediction of Disease Therapeutic Target Molecules Using Gene Expression Profiles.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Otsuka T, Hasegawa A, Okuno Y. ,”Insight into Federated Learning for Compound-Protein Interaction Prediction”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

  • 2023.09.27 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Ito S, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Igarashi Y, Kuroda M, Kawashima H, Watanabe R, Yamada H, Mizuguchi K, Okuno Y ,”Comprehensive Clinical Risk Assessment of Drug Candidate Compounds using ADMET-AI Models”, 日本薬物動態学会第38回年会/第23回シトクロムP450国際会議国際合同大会 , 2023/9/27 ,静岡県コンベンションアーツセンター

  • 2023.07.26 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Hatano N, Kamada M, Kojima R, Okuno Y. ,”Network-Based Prediction Method for Cancer Driver Missense Mutations.”, Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) , 2023/7/26. ,the Centre de Congrès de Lyon and virtually

  • 2023.07.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Nakamura A, Kojima R, Okamoto Y, Mineharu Y, Harada Y, Kamada M, Okuno Y. ,“ Latent State Estimation of Cancer Patients Treated with Nivolumab Using Deep State Space Model. ”, Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) , 2023/7/25. ,the Centre de Congrès de Lyon and virtually

  • 2023.07.24 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Koyama T, Matsumoto S, Iwata H, Kojima R, Okuno Y. ,” Iterative Data Augmentation of Near Boundary Negative Samples Improves the Model Generalizability in Compound-Protein Interaction Prediction. “, Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) , 2023/7/24. ,the Centre de Congrès de Lyon and virtually

  • 2023.07.15 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Akihiko Ueda, Junzo Hamanishi, Kohei Hamada, Haruka Suzuki, Sachiko Kitamura, Mana Taki, Koji Yamanoi, Ryusuke Murakami, Ken Yamaguchi, Masaki Mandai.,” Computational image analysis of gynecologic malignancies using deep learning techniques. “, 第 65 回日本婦人科腫瘍学会学術講演会 , 2023/7/15 ,くにびきメッセ

  • 2023.07.14 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    植田彰彦、山口建、石田憲太郎、宗万紀子、鈴木直宏、北村幸子、滝真奈、山ノ井康二、村上隆介、濵西潤三、植田政嗣、万代昌紀 ,「 AIを用いたコルポスコピー所見判定技術開発と臨床応用への取り組み 」, 第 65 回日本婦人科腫瘍学会学術講演会 , 2023/7/14 ,くにびきメッセ

  • 2023.07.07 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Tanaka M, Kohjitani H, Yoneda F, Nishiwaki S, Shizuta S, Okuno Y ,“ The Accuracy Differences in Developing A Deep Neural Network to Identify Pulmonary Vein Potentials Depend On Input Leads of A 12-leads Electrocardiogram. ”, 第69回日本不整脈心電学会学術大会 , 2023/7/7. ,札幌コンベンションセンター