• Department of Biomedical Data Intelligence,
    Graduate School of Medicine, Kyoto University

    当研究室では、京大病院の実臨床データを用いた医療ビッグデータ解析・医療シミュレーションや、スーパーコンピュータ「富岳」を用いた創薬シミュレーション・ビッグデータ創薬の新たな方法論開発に取り組み、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指しています。

Drug discovery創薬

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Medical医療

創薬DX Platform特設サイト

新着情報

  • 2025.08.01 論文

    Sakuragi M, Suzuki H, Sumitomo R, Ishimura T, Hayashi A, Kakita H, Niwa A, Higashi Y, Huang C, Matsubara T, & Tsukamoto T, Identifying Multiple Pleuroperitoneal Communications by Computed Tomography Peritoneography, Kidney International, 108(2):332, 2025/8, doi:10.1016/j.kint.2025.03.024

  • 2025.06.27 インフォメーション


    創薬DX Platform特設サイトを開設しました。
    人工知能(AI)とシミュレーション技術を互いに連結・連動させ、創薬プロセス全体の予測と自動化を目指す我々の取り組み “創薬DX Platform(ディーエックス プラットフォーム)” を紹介する情報サイトを開設し、本日公開しました。創薬AIに関する入門ガイドや気軽に試せるデモ、最新研究事例・プロジェクト紹介などを通じて、創薬DXの最前線を発信していきます。

    創薬DXポータル:https://3dxpf.med.kyoto-u.ac.jp

  • 2025.06.26 講演

    奥野教授が講演しました。
    Japan Healthカンファレンス
    2025/6/26 インテックス大阪 6号館 会場B
    「ビッグデータを活用した次世代医療」セッション:「AI が拓くデータ駆動型医療の未来」

  • 2025.06.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    NIKKEI 創薬エコシステムサミット
    2025/6/25 グランドハイアット東京・ハイブリッド開催
    主催者パネルセッション5「AI・DXが起こす創薬のイノベーション」

  • 2025.06.05 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Sho Oshima*, Yuji Okamoto*, Taisei Tosaki, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno (*Equal Contribution), Supervised Graph Contrastive Learning for Gene Regulatory Network, arXiv:2505.17786v2 , 2025/6/5, https://arxiv.org/pdf/2505.17786

  • 2025.06.02 論文

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Ryosuke Kojima, Yohei Mineharu, Yuji Okamoto, Mikio Arita, Nobuyuki Miyai, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, Out-of-distribution reject option method for dataset shift problem in early disease onset prediction, Sci Rep, 15(1):19240, 2025/6/2, doi:10.1038/s41598-025-01811-8

  • 2025.05.30 講演

    奥野教授が講演しました。
    第19回日本分子イメージング学会総会・学術集会
    2025/5/30 福井県民ホール
    特別講演「AIは創薬に変革をもたらすのか」

  • 2025.05.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    第61回日本循環器病予防学会学術集会
    2025/5/24-25 佐賀大学 医学部(録画講演)
    教育講演1「AIが拓くデータ駆動型医療の未来」

  • 2025.05.25 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    藤田暁, 後藤公志, 植田彰彦, 奥野恭史, 松田秀一,「4.生成AIの医用画像への応用――人工股関節全置換術後X線像の3D—CT化とカップアライメント評価」, 臨床雑誌「整形外科」 2025年5月増刊号, p620–626(2025年5月発行)

  • 2025.05.22 講演

    奥野教授が講演しました。
    Thoracic Oncology Academy 2025(中外製薬株式会社主催)
    2025/5/22 オンライン開催
    特別講演「医療におけるビッグデータ・AIの現状と未来」

  • 2025.08.01 論文

    Sakuragi M, Suzuki H, Sumitomo R, Ishimura T, Hayashi A, Kakita H, Niwa A, Higashi Y, Huang C, Matsubara T, & Tsukamoto T, Identifying Multiple Pleuroperitoneal Communications by Computed Tomography Peritoneography, Kidney International, 108(2):332, 2025/8, doi:10.1016/j.kint.2025.03.024

  • 2025.06.05 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Sho Oshima*, Yuji Okamoto*, Taisei Tosaki, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno (*Equal Contribution), Supervised Graph Contrastive Learning for Gene Regulatory Network, arXiv:2505.17786v2 , 2025/6/5, https://arxiv.org/pdf/2505.17786

  • 2025.06.02 論文

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Ryosuke Kojima, Yohei Mineharu, Yuji Okamoto, Mikio Arita, Nobuyuki Miyai, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, Out-of-distribution reject option method for dataset shift problem in early disease onset prediction, Sci Rep, 15(1):19240, 2025/6/2, doi:10.1038/s41598-025-01811-8

  • 2025.05.21 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Yusuke Sakemi, Yuji Okamoto, Takashi Morie, Sou Nobukawa, Takeo Hosomi, Kazuyuki Aihara, (2025). Harnessing Nonidealities in Analog In-Memory Computing Circuits: A Physical Modeling Approach for Neuromorphic Systems, arXiv:2412.09010, 2025/5/21(ver2), Advanced Intelligent Systems 2025. (In Production) , https://arxiv.org/abs/2412.09010

  • 2025.05.04 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Yuji Okamoto, Tomoya Takeuchi, Yusuke Sakemi, (2025). Learning the Simplest Neural ODE, arXiv:2505.02019, 2025/5/4, 2025 SICE Festival with Annual Conference (SICE FES). (accepted), https://arxiv.org/abs/2505.02019

  • 2025.04.25 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Shoma Ito, Takuto Koyama, Shigeyuki Matsumoto, Ryosuke Kojima, Yuji Okamoto, Masataka Kuroda, Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tomoki Yonezawa, Takaaki Sumiyoshi, Kazuyoshi Ikeda, Kenji Mizuguchi, Hiroaki Iwata, Yasushi Okuno, (2025) Improving ADME Prediction with Multitask Graph Neural Networks and Assessing Explainability in Lead Optimization, ChemRxiv, 2025/4/25, https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/680aee7350018ac7c512f652

  • 2025.04.23 論文

    Mineharu Y, Kamata T, Tomoto M, Sato N, Tamada Y, Funaki T, Oichi Y, Harada KH, Koizumi A, Kimura T, Inoue I, Okuno Y, Miyamoto S, Arakawa Y, Peripheral blood GATA2 expression impacts RNF213 mutation penetrance and clinical severity in moyamoya disease, Stroke Vasc Neurol, svn-2024-003970. Epub ahead of print, 2025/4/23, doi:10.1136/svn-2024-003970

  • 2025.04.01 論文

    Imamura T, Makiyama T, Ozawa J, Sonoda K, Kato K, Aizawa T, Kashiwa A, Gao J, Huang H, Yamamoto Y, Kohjitani H, Aoki H, Watanabe S, Muraji S, Kojima T, Yoshinaga M, Ohno S, Suzuki H, Sumitomo N, Nakagawa Y, Ono K, Horie M, Kimura T, Sex-specific clinical course of young patients with Brugada syndrome, European heart journal, 46(13):1263-1266, 2025/4/1, doi:10.1093/eurheartj/ehae739

  • 2025.03.26 論文

    Fujii T, Murata K, Kohjitani H, Onishi A, Murakami K, Tanaka M, Yamamoto W, Nagai K, Yoshikawa A, Etani Y, Okita Y, Yoshida N, Amuro H, Okano T, Ueda Y, Okano T, Hara R, Hashimoto M, Morinobu A, Matsuda S, Predicting rheumatoid arthritis progression from seronegative undifferentiated arthritis using machine learning: a deep learning model trained on the KURAMA cohort and externally validated with the ANSWER cohort, Arthritis research & therapy, 27(1):65, 2025/3/26, doi:10.1186/s13075-025-03541-8

  • 2025.03.22 論文

    Matsumoto S, Isaka Y, Kanada R, Ma B, Araki M, Chiba S, Tokuhisa A, Iwata H, Ishida S, Akinaga Y, Terayama K, Kojima R, Harada Y, Takemura K, Honma T, Kitao A, Okuno Y, Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound-protein interactions through molecular dynamics simulation, PNAS Nexus, 4(3):pgaf094, 2025/3/22, doi:10.1093/pnasnexus/pgaf094

  • 2025.06.26 講演

    奥野教授が講演しました。
    Japan Healthカンファレンス
    2025/6/26 インテックス大阪 6号館 会場B
    「ビッグデータを活用した次世代医療」セッション:「AI が拓くデータ駆動型医療の未来」

  • 2025.06.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    NIKKEI 創薬エコシステムサミット
    2025/6/25 グランドハイアット東京・ハイブリッド開催
    主催者パネルセッション5「AI・DXが起こす創薬のイノベーション」

  • 2025.05.30 講演

    奥野教授が講演しました。
    第19回日本分子イメージング学会総会・学術集会
    2025/5/30 福井県民ホール
    特別講演「AIは創薬に変革をもたらすのか」

  • 2025.05.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    第61回日本循環器病予防学会学術集会
    2025/5/24-25 佐賀大学 医学部(録画講演)
    教育講演1「AIが拓くデータ駆動型医療の未来」

  • 2025.05.22 講演

    奥野教授が講演しました。
    Thoracic Oncology Academy 2025(中外製薬株式会社主催)
    2025/5/22 オンライン開催
    特別講演「医療におけるビッグデータ・AIの現状と未来」

  • 2025.05.10 講演

    奥野教授が講演しました。
    名古屋市立大学公開シンポジウム『ロボット・AI・ビッグデータ創薬シンポジウム』
    2025/5/10 名古屋市立大学大学院薬学研究科 宮田専治記念ホール
    基調講演「AIは創薬を変革できるのか」

  • 2025.04.25 講演

    奥野教授が講演しました。
    Arrhythmia Research Forum 2025
    2025/4/25 みやこめっせ(京都)
    特別講演1「AIは創薬を変革できるのか」

  • 2025.03.29 講演

    糀谷泰彦 特定助教が講演しました。
    第89回日本循環器学会学術集会
    2025/3/29 パシフィコ横浜
    招待講演 Symposium12:State-of-the-art AI-based Medical Technology and Big Data Research from Japan
    「Comprehensive AI Development Approaches for Social Implementation in the Field of Arrhythmias and Ischaemic Heart Disease」
    「Deep Learning-Based OCT Analysis for Predicting High-Risk Plaques in PCI Patients: The PREDICTOR Study」

  • 2025.03.17 インフォメーション

    奥野教授が講演しました。
    第36回 製薬協政策セミナー 日本の創薬力向上を目指して
    講演3「日本の創薬とDX」

    ■日 時:2025年3月17日(月)13:00~16:00
    ■形 式:会場 & オンライン ハイブリッド開催
    ■会 場:室町三井ホール&カンファレンス(東京都中央区日本橋室町3-2-1 CORED室町テラス 3階
    ■受講費:無料
    ■定 員:【会場】120名
    ■主 催:日本製薬工業協会
    ■共 催:日本経済新聞社
    ■お申し込み参加フォーム ※締切り:【会場聴講】3月9日(日)【オンライン聴講】3月16日(日)
    ■お問い合わせ:製薬協政策セミナー事務局
            https://conf1.nep-sec.jp/form/bfb6wP

  • 2025.03.04 講演

    糀谷泰彦 特定助教が講演しました。
    Tokyo Biodesign Healthtech Innovation day 2025
    2025/3/4 東京ミッドタウン八重洲カンファレンス
    招待講演(ピッチ登壇)「12誘導心電図からの心内心電図情報予測に基づく不整脈疾患精密診断プログラムの開発研究」

  • 2025.02.06 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Mineharu Y, Kamata T, Tomoto M, Sato N, Tamada Y, Funaki T, Oichi Y, Harada KH, Koizumi A, Kimura T, et al., 
    “Peripheral blood GATA2 expression increases RNF213 mutation penetrance and clinical severity in moyamoya disease”
    International Stroke Conference, 2025/2/6, Los Angeles Convention Center | Los Angeles, California

  • 2025.01.23 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    S Chiba, T Yamane, M Ikeguchi, M Ohta, 
    “Parallel Bayesian Optimization of Atomic-Level Interaction Descriptors for Protein Modeling”
    The 7th R-CCS International Symposium, 2025/1/23, KOBE International Conference Center

  • 2025.01.22 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    峰晴陽平, 奥野恭史, 
    シンポジウム
    「AIによる過去・現在・未来の可視化がもたらすヘルスケア・医療イノベーション」
    第2回 Medical Innovation Centerで拓く未来医療のためのデジタルイノベーション, 2025/1/22,

    京都大学メディカルイノベーションセンター 1階セミナー室開催およびZoom配信(ハイブリッド開催)

  • 2024.12.18 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    小山 拓豊, 津村 颯人, 沖田 龍之介, 山崎 公裕, 河東 孝, 長谷川 亜樹, 岩田 浩明, 小島 諒介, 松本 篤幸, 奥野 恭史, 
    「ケミカルゲノミクス言語モデルを用いた化合物-タンパク質間相互作用の大規模予測」
    第47回ケモインフォマティクス討論会, 2024/12/18, 金沢商工会議所会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    A Kikuchi, T Ekimoto, T Yamane, S Chiba, K Shimizu, S Fujii, M Ikeguchi, 
    “Antigen recognition by predicting the three-dimensional structure of killer T cell-derived T cell receptors”
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    千葉峻太朗, 邦武克彦, 青木吉嗣, 横田俊文, 奥野恭史, 
    「エクソンスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーデータベースとスキップ効率予測」
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    山根努, 大田雅照, 池口満徳, 
    「2次元レプリカ交換シミュレーションによる環状ヘキサペプチドの膜透過過程の解析」
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.07 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Yohei Mineharu, Yuki Oichi, Tohru Tezuka, Miki Yoshioka, Kuan-Chun Lan, Wataru Fujibuchi, Harunobu Kagawa, Tomoko Matsumoto, Satoshi Ueha, Shigeyuki Shichino, Maria Jose Lopez Iniesta, Silsu Park, Yoshiki Arakawa, Akio Koizumi, Susumu Miyamoto, Makoto Ikeya, Knut Woltjen, Jun K Yamashita, Shohab Youssefian, 
    “Correcting RNF213 mutations in iPS cells uncovers gene dysregulation contributing to partial EndMT in moyamoya disease”
    CVMW (Cardiovascular metabolism week) 2024, 2024/12/7, ステーションコンファレンス東京

  • 2024.12.06 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Yohei Harada, Minoru Sakuragi, Yusuke Koyanagi, Seiji Okajima, Hirofumi Suzuki, Kentaro Kanamori, Masahiro Asaoka, Kouji Kurihara, Takuya Takagi, Koji Maruhashi, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, 
    “Subgrouping Causal Networks of Disease Onset in Large-scale Health and Medical Data using Supercomputer Fugaku.”
    IEEE BIBM 2024 International Workshop on Foundations of Network Analysis, 2024/12/3-6, Lisbon, Portgual

  • 2024.11.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    千葉峻太朗, 小湊みのり, 邦武克彦, 青木吉嗣, 横田俊文, 奥野恭史, 
    「エクソンスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーデータベースおよびスキップ効率予測」
    2024年度疾患モデルを駆使した筋ジストロフィーの治療法開発研究班会議, 2024/11/25, NCNP教育研修棟(東京)