• Department of Biomedical Data Intelligence,
    Graduate School of Medicine, Kyoto University

    当研究室では、京大病院の実臨床データを用いた医療ビッグデータ解析・医療シミュレーションや、スーパーコンピュータ「富岳」を用いた創薬シミュレーション・ビッグデータ創薬の新たな方法論開発に取り組み、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指しています。

Drug discovery創薬

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Medical医療

新着情報

  • 2022.11.22 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Yoshizawa T, Ishida S*, Sato T, Ohta M, Honma T, and Terayama K* , Selective Inhibitor Design for Kinase Homologs Using Multiobjective Monte Carlo Tree Search , Journal of Chemical Information and Modeling , 2022/11/22 , https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00787

  • 2022.11.09 論文

    Kohjitani H, Koda S, Himeno Y, Makiyama T, Yamamoto Y, Yoshinaga D, Wuriyanghai Y, Kashiwa A, Toyoda F, Zhang Y, Amano A,  Noma A&  Kimura T , Gradient-based parameter optimization method to determine membrane ionic current composition in human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes , Scientific Reports  , 19110 ,2022/11/9 , https://doi.org/10.1038/s41598-022-23398-0

  • 2022.11.08 論文

    Ueda M, Usami K, Yamao Y, Yamawaki R, Umaba C, Liang N, Nankaku M, Mineharu Y, Honda M, Hitomi T, et al. ,Correlation between brain functional connectivity and neurocognitive function in patients with left frontal glioma , Scientific Reports volume, ,volume 12,18302, 2022/11/8, https://doi.org/10.1038/s41598-022-22493-6

  • 2022.11.01 論文

    Ohsuga T, Egawa M, Kii M, Ikeda Y, Ueda A, Chigusa Y, Mogami H, Mandai M. , Association between non-anemic iron deficiency in early pregnancy and perinatal mental health: A retrospective pilot study. , THE JOURNAL OF Obstet Gynaecol Research , Nov;48(11):2730-2737 ,  2022/11 , https://doi.org/10.1111/jog.15397

  • 2022.10.13 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Iwata H, Hayashi Y, Hasegawa A, Terayama K, Okuno Y, , Classification of scanning electron microscope images of pharmaceutical excipients using deep convolutional neural networks with transfer learning . International Journal of Pharmaceutics , Volume 4 , 100135 , 2022/10/13 https://doi.org/10.1016/j.ijpx.2022.100135

  • 2022.10.13 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Okamoto Y, Hirano M, Morino K et al. , Early dynamics of chronic myeloid leukemia on nilotinib predicts deep molecular response. npj Systems Biology and Applications , 8, 39 , 2022/10/13 https://doi.org/10.1038/s41540-022-00248-3

  • 2022.10.03 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Ryosuke Kojima and Yuji Okamoto , Learning Deep Input-Output Stable Dynamics . Neural Information Processing Systems 2022 , arXiv:2206.13093 , 2022/10/3 https://doi.org/10.48550/arXiv.2206.13093

  • 2022.09.30 論文

    Ueda A, Watari H, Mandai M, Fukuhara S, Sugitani Y, Ogino K, Kamijima S, Enomoto T. , Incidence of gastrointestinal perforation associated with bevacizumab in combination with neoadjuvant chemotherapy as first-line treatment of advanced ovarian, fallopian tube, or peritoneal cancer: analysis of a Japanese healthcare claims database. , Journal of Gynecolgic Oncology , Nov;33(6):e78 ,  2022/9/30 , https://doi.org/10.3802/jgo.2022.33.e78

  • 2022.09.29 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Tabata J, Nakaoku T* (co-first), Araki M, Yoshino R, Kohsaka S, Otsuka A, Ikegami M, Ui A, Kanno S, Miyoshi K, Matsumoto S, Sagae Y, Yasui A, Sekijima M, Mano H, Okuno Y, Okamoto A, Kohno T* , Novel calcium-binding ablating mutations induce constitutive RET activity and drive tumorigenesis , Cancer Research , 2022/9/27, 10.1158/0008-5472.CAN-22-0834

  • 2022.09.09 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました。

    Hattori EY, Masuda T, Mineharu Y, Mikami M, Terada Y, Matsui Y, Kubota H, Matsuo H, Hirata M, Kataoka TR, et al,A RUNX-targeted gene switch-off approach modulates the BIRC5/PIF1-p21 pathway and reduces glioblastoma growth in mice, Communications Biology , 5:939,2022/9/9, DOI https://doi.org/10.1038/s42003-022-03917-5

  • 2022.10.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    田中良尚, 松本篤幸, 奥野恭史 「AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化」実験医学 , 羊土社 , 40巻 13号 , 2122-2127 , 2022年10月1日

  • 2022.06.30 執筆

    大田雅照 上級研究員の執筆が掲載されました。
    スクリーニング学研究会/編 , 創薬研究のためのスクリーニング学実践テキスト 第9章特徴のあるスクリーニング,「コンピュータを利用したバーチャルスクリーニング」. 実験医学別冊 , 羊土社 , 288-296 , 2022年6月30日

     

  • 2022.03.02 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19治療薬探索」特集:新興ウイルス感染症の早期予防・治療を目指して~COVID-19対策から考える~ . 日本薬理学雑誌 157 巻 2 号 , p111-114 ( 2022年3月発行)

  • 2022.02.01 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    「創薬におけるAIの活用」, 先進医療 Navigator 『医療とAI最前線』, 日本医学出版, p58,-60( 2022年2月発行)

  • 2022.02.01 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    「薬として使えそうな物質をAIが提案」. ニュートン別冊『ゼロからわかる人口知能 完全版 , p56,-57( 2022年2月発行)

  • 2022.01.11 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    「薬として使えそうな物質をAIが提案」ニュートン別冊 ゼロからわかる人口知能 増補第2版 ( 2022年1月発行)

  • 2022.01.01 執筆

    鎌田真由美准教授, 芦根怜研究員,峰晴陽平特定准教授,奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    「日本人疾患バリアントデータベース MgeND」 遺伝子医学, Vol12 No1, p65-69(2022年1月1日発行)

  • 2021.11.01 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    「これまでの創薬の”常識”をくつがえす新薬たち」ニュートン別冊 くすりの科学知識 改訂第3版 , p74-76( 2021年11月発行)

  • 2021.10.01 執筆

    櫻木実, 内野詠一郎特定助教, 佐藤憲明特定助教, 奧野恭史教授, 柳田素子教授の執筆が掲載されました。
    「AIによるAKI発症予測」 腎臓内科, 科学評論社, 第14巻, 第4号( 2021年10月発行)

  • 2021.08.07 執筆

    千葉峻太朗研究員, 大田雅照上級研究員の執筆が掲載されました。
    「協調的2アミノ酸残基同時変異体の相互作用解析による新規抗体のStructure-Based Design」 医学のあゆみ278,巻6号(2021年8月7日発行)

  • 2022.09.30 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Lim H, Matsumoto S, Chiba S, Isaka Y, Kamada M, Okuno Y ,”Structure evaluation for protein-peptide docking models using 3D convolutional neural networks“, The 60th Annual meeting of the Biophysical Society of Japan , 2022/9/30 , Hakodate arena(Japan)  

  • 2022.09.28 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    松本篤幸, 石田祥一, 寺山慧, 奥野恭史 ,「 Extracting protein dynamics from experimental cryo-EM maps using a machine learning
    technique combining with MD simulations 」, 第60回日本生物物理学会年会 , 2022/9/28 , 函館アリーナ(函館市)

  • 2022.09.14 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Tamada Y, Nakazawa M, Ota K, Tomoto M, Ashine R, Harada Y, Kamada M and Okuno Y ,「 シングル・サンプル遺伝子ネットワーク推定&解析技 」

    Ota K, Harada Y, Nakazawa M, Tamada Y, Kamada M and Okuno Y ,「 ベイジアンネットワークを用いた薬剤感受性関連遺伝子ネットワークの抽出 」

    Nakazawa M, Tamada Y and Okuno Y ,「 患者特異的な遺伝子制御ネットワークに基づくがん層別化手法の開発 」

    Tomoto M, Mineharu Y, Sato N, Nakazawa M, Tamada Y, Kamada M and i Okuno Y ,「 マルチオミクスデータを用いた特発性肺線維症のメカニズム解明 」

    Inoue K, Kojima R, Kamada M and Okuno Y ,”Cancer survival prediction using a new deep neural network framework combining gene expression profile and knowledge graph”

    第11回生命医薬情報学連合大会ポスター発表 , 2022/9/14 , 千里ライフサイエンスセンター  

  • 2022.09.12 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    井上 和真, 小島 諒介, 鎌田 真由美, 奥野 恭史 ,”遺伝子発現量と知識グラフを組み合わせた深層学習モデルによるがん患者予後予測 “, 第71回バイオ情報学研究発表会ショートトークセッション , 2022/9/12 , 大阪大学吹田キャンパス  

  • 2022.07.28 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    井上聡太 「深層学習を用いた化合物-タンパク質間相互作用予測における相互作用メカニズムの推定」, 第6回CBI若手の会講演会 , 2022/7/28 , オンライン開催  

  • 2022.06.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    大田雅照 , in silico technologies in the age of multiple modality , 第436回CBI学会講演会 , 2022/6/22 , オンライン開催  

  • 2022.06.10 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    内野詠一郎、櫻木実、佐藤憲明、奥野恭史、柳田素子 「機械学習によるAKI発症予測モデルの開発」, 第65回日本腎臓学会学術総会 ワークショップ3 腎疾患診療最適化のためのAI・ICTの活用 , 2022/6/10 , 神戸国際展示場  

  • 2022.06.10 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Yoneda F, Kohjitani H, Tanaka M,  Nishiwaki S, Komasa A, Shizuta S, Kimura T. ,” Exploratory Identification of Recurrence Risk After Cryoablation for Atrial Fibrillation Using Machine Learning Methods. “, 第68回日本不整脈心電学会学術大会 , 2022/6/10 , パシフィコ横浜  

  • 2022.06.10 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    当麻誠悟,内野詠一郎 ,玉田嘉紀 ,糀谷泰彦 ,峰晴陽平 ,櫻木実 ,永井良三 ,尾野亘 ,木村剛 ,奥野恭史 , 「 精密医療を見据えたRCTデータの新規層別化解析手法の開発 」, 第4回日本メディカルAI学会学術集会, 2022/6/10 , トークネットホール仙台  

  • 2022.06.10 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    中村綾, 小島諒介, 岡本有司, 鎌田真由美, 奥野恭史 「時系列モデルを用いたニボルマブ投与がん患者の潜在状態推定 」, 第4回日本メディカルAI学会学術集会 , 2022/6/10 , トークネットホール仙台