• Department of Biomedical Data Intelligence,
    Graduate School of Medicine, Kyoto University

    当研究室では、京大病院の実臨床データを用いた医療ビッグデータ解析・医療シミュレーションや、スーパーコンピュータ「富岳」を用いた創薬シミュレーション・ビッグデータ創薬の新たな方法論開発に取り組み、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指しています。

Drug discovery創薬

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Medical医療

創薬DX Platform特設サイト

新着情報

  • 2025.10.30 受賞

    奥野Gメンバーが受賞しました。
    CBI学会 2025年大会

    口頭発表賞
    LEE SEUNGEON/李昇彦(M1)
    HELM-BERT: A Transformer for Medium-sized Peptide Property Prediction

    おめでとうございます!


  • 2025.10.20 講演

    奥野教授が講演しました。
    潜在空間分⼦設計 第 2 回リトリート
    2025/10/20 鶴岡市先端研究産業支援センター・鶴岡メタボロームキャンパス(山形県鶴岡市)
    「AIは創薬を変革できるのか」

  • 2025.10.18 講演

    奥野教授が講演しました。
    第63回日本癌治療学会学術集会
    2025/10/18 パシフィコ横浜
    【講演】会長企画シンポジウム11「AI が切り拓く未来のがん研究と個別化医療」
        「AI は創薬に変革をもたらすのか」

    【座長】領域横断ワークショップ9「AI の医療実装は臨床をいかに変革するか」

  • 2025.10.17 講演

    奥野教授が講演しました。
    POWTEX2025
    2025/10/17 インテックス大阪 5号館 Dルーム
    AI技術利用に関するセミナー「ものづくりにおけるAIの活用」
    「AI/DXで拓く創薬・医療の未来」

  • 2025.10.15 講演

    奥野教授が講演しました。
    CEATEC2025
    2025/10/15 幕張メッセ(千葉)
    AXパークステージ:スーパーコンピュータによる「AI for Science」取り組み最前線
    「AI/DXで拓くデータ駆動型創薬の未来」

  • 2025.10.10 講演

    奥野教授が講演しました。
    BioJpana2025
    2025/10/10 パシフィコ横浜
    【講演】京都大学とKSAC共同ブース ミニセミナー
        「創薬におけるAIの現状と未来」

    【コーディネーター】主催者セミナー「AIによる低分子創薬の革新」

  • 2025.10.09 講演

    奥野教授が講演しました。
    第45回NIHS特別講演会
    2025/10/9 日国立医薬品食品衛生研究所・オンライン(ハイブリッド開催)
    「AI/DXで拓くデータ駆動型創薬の未来」

  • 2025.10.04 講演

    奥野教授が講演しました。
    理化学研究所 一般公開in神戸
    2025/10/4 神戸臨床研究情報センター(R-CCS)
    理研主催「中高生のための特別授業」
    「薬学と人工知能ー新たな創薬で病を滅すー」

  • 2025.10.01 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Takashi Nakaoku, Shigenari Nukaga, Kouya Shiraishi, Kenta Hamabe, Akifumi Mochizuki, Yu Hamaguchi, Emi Ogawa, Nguyen Le, Yoko Shimada, Hanako Ono, Hitomi Nishinakamura, Yoshihisa Kobayashi, Junko Hamamoto, Ayako Ui, Mitsugu Araki, Yukari Sagae, Keiko Ohgino, Kai Sugihara, Satoshi Endo, Jun Miyakoshi, Yuichi Shiraishi, Hiroyuki Yasuda, Yasushi Okuno, Tatsuya Yoshida, Yasushi Goto, Yuichiro Ohe, Shun-ichi Watanabe, Yasushi Yatabe, Hiroyoshi Nishikawa, Ryuji Hamamoto, and Takashi Kohno, Mutation of CMTR2 in Lung Adenocarcinoma Alters RNA Alternative Splicing and Reveals Therapeutic Vulnerabilities, Nature Communications, 2025, (In press)

  • 2025.09.25 講演

    奥野教授、荒木望嗣 特定准教授が講演しました。
    第63回日本生物物理学会年会(国際学会)
    2025/9/25 奈良県コンベンションセンター
    スーパーコンピュータ「富岳」による創薬と医療の促進(オーガナイザー 荒木特定准教授、横浜市立大学・寺山准教授)
    「Molecular Dynamics Simulation Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase.」

  • 2025.10.01 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Takashi Nakaoku, Shigenari Nukaga, Kouya Shiraishi, Kenta Hamabe, Akifumi Mochizuki, Yu Hamaguchi, Emi Ogawa, Nguyen Le, Yoko Shimada, Hanako Ono, Hitomi Nishinakamura, Yoshihisa Kobayashi, Junko Hamamoto, Ayako Ui, Mitsugu Araki, Yukari Sagae, Keiko Ohgino, Kai Sugihara, Satoshi Endo, Jun Miyakoshi, Yuichi Shiraishi, Hiroyuki Yasuda, Yasushi Okuno, Tatsuya Yoshida, Yasushi Goto, Yuichiro Ohe, Shun-ichi Watanabe, Yasushi Yatabe, Hiroyoshi Nishikawa, Ryuji Hamamoto, and Takashi Kohno, Mutation of CMTR2 in Lung Adenocarcinoma Alters RNA Alternative Splicing and Reveals Therapeutic Vulnerabilities, Nature Communications, 2025, (In press)

  • 2025.09.24 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Takuto Koyama, Hiroaki Iwata, Ryosuke Kojima, Takao Otsuka, Aki Hasegawa, Hiroshi Ueda, Toshiharu Morimoto, Ryoko Sasaki, Nao Torimoto, Sei Murakami, Manabu Tojo, Teruki Honma, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno, Empowering Federated Learning for Robust Compound-Protein Interaction Prediction across Heterogeneous Cross-Pharma Domains, ChemRxiv, 2025/9/24, https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/68cbfe759008f1a46762e3e810.1371/journal.pone.0331650

  • 2025.09.09 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Yamamoto T*, Sakuragi M*, Tuji Y, Okamoto Y, Uchino E, Yanagita M, Muto M, Kamada M, Okuno Y, Predicting mortality dynamics in cancer patients: A machine learning approach to pre-death events, PLoS One, 20(9):e0331650, 2025/9/9, doi:10.1371/journal.pone.0331650

  • 2025.09.04 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Minoru Sakuragi, Riko Asada, Mayumi Kamada, Yasushi Okuno, Multimodal Gene–Environment Modeling of Disease Onset Using a Context-Aware Genome Language Model, Proceedings of IIBMP 2025(Oral Presentation (Peer-reviewed)), 2025/9/4

  • 2025.08.01 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Sakuragi M, Suzuki H, Sumitomo R, Ishimura T, Hayashi A, Kakita H, Niwa A, Higashi Y, Huang C, Matsubara T, & Tsukamoto T, Identifying Multiple Pleuroperitoneal Communications by Computed Tomography Peritoneography, Kidney International, 108(2):332, 2025/8, doi:10.1016/j.kint.2025.03.024

  • 2025.07.29 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Shuntaro Chiba , Yasushi Okuno, In Silico Prediction and Selection of Exon-Skipping Antisense Oligonucleotide Sequences Using eSkip-Finder, Methods Mol Biol., 2025;2964:109-116, 2025/7/29, doi:10.1007/978-1-0716-4730-1_6

  • 2025.07.01 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Akada M, Tabuchi H, Okamoto Y, Tanabe M, Nishikawa R, Yamane S, Tsujikawa A, Okuno Y, Quantitative Assessment of Microsurgical Skill in Intrascleral Fixation Surgery Using Wearable Strain Sensors: A Pilot Study, Transl Vis Sci Technol., 14(7):7, 2025/7/1, doi:10.1167/tvst.14.7.7

  • 2025.06.05 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Sho Oshima*, Yuji Okamoto*, Taisei Tosaki, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno (*Equal Contribution), Supervised Graph Contrastive Learning for Gene Regulatory Network, arXiv:2505.17786v2 , 2025/6/5, https://arxiv.org/pdf/2505.17786

  • 2025.06.02 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Ryosuke Kojima, Yohei Mineharu, Yuji Okamoto, Mikio Arita, Nobuyuki Miyai, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, Out-of-distribution reject option method for dataset shift problem in early disease onset prediction, Sci Rep, 15(1):19240, 2025/6/2, doi:10.1038/s41598-025-01811-8

  • 2025.05.30 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    戸﨑泰誠, 荒武奈々瑛, 岡本有司, 内野詠一郎, 小島諒介, 奥野恭史, 区分線形埋め込みを用いた Decoder 型 Tabualr Transformer モデルの検討, 2025年度人工知能学会全国大会論文集(第39回), pp. 2Win505-2Win505, 2025/5/27-5/30, https://doi.org/10.11517/pjsai.JSAI2025.0_2Win505

     

  • 2025.09.22 インフォメーション

    このたび、京都大学 医学研究科・薬学研究科 理化学研究所 奥野研究室にゆかりのある卒業生・関係者の皆様を対象とした同門会「蝶舞会」を設立し、第1回目の同門会を開催する運びとなり、9月13日(土)にフォーシーズンズホテル京都にて、京都⼤学・理化学研究所 奥野研究室 同⾨会「蝶舞会(かれんかい)」が 開催されました。

    本会は、研究室でのご縁を大切にしながら、会員同士の交流を深め、学術的・社会的な発展を共に目指すことを目的としており、「蝶舞会」は一門をとても大切にしていた平家の蝶紋より由来しております。

    第1回目の同門会当日は100名以上の方にお集まりいただき、研究の話や各自の近況報告など、様々な交流が見受けられ、とても盛大な会となりました。
    ご参加いただきました皆様、心よりお礼申し上げます。

     

  • 2025.06.27 インフォメーション

    創薬DX Platform特設サイトを開設しました。 人工知能(AI)とシミュレーション技術を互いに連結・連動させ、創薬プロセス全体の予測と自動化を目指す我々の取り組み “創薬DX Platform(ディーエックス プラットフォーム)” を紹介する情報サイトを開設し、本日公開しました。創薬AIに関する入門ガイドや気軽に試せるデモ、最新研究事例・プロジェクト紹介などを通じて、創薬DXの最前線を発信していきます。 創薬DXポータル:https://3dxpf.med.kyoto-u.ac.jp

  • 2025.03.17 インフォメーション

    奥野教授が講演しました。
    第36回 製薬協政策セミナー 日本の創薬力向上を目指して
    講演3「日本の創薬とDX」

    ■日 時:2025年3月17日(月)13:00~16:00
    ■形 式:会場 & オンライン ハイブリッド開催
    ■会 場:室町三井ホール&カンファレンス(東京都中央区日本橋室町3-2-1 CORED室町テラス 3階
    ■受講費:無料
    ■定 員:【会場】120名
    ■主 催:日本製薬工業協会
    ■共 催:日本経済新聞社
    ■お申し込み参加フォーム ※締切り:【会場聴講】3月9日(日)【オンライン聴講】3月16日(日)
    ■お問い合わせ:製薬協政策セミナー事務局
            https://conf1.nep-sec.jp/form/bfb6wP

  • 2023.05.25 インフォメーション

    奥野教授が代表のライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)がLINC SHOWCASE 2023 Summerを開催(オンライン)します。
    日  時:2023年7月3日(月) 13:00~16:00
    申し込み:申し込みフォーム  6月27日(火)締め切り
    内  容:講演「DX の日本の現状と対応策(仮)」デジタル庁 統括官 村上敬亮 氏、パネル討論「創薬DX プラットフォームの展望(仮)

  • 2023.03.07 インフォメーション

    奥野教授が課題代表である「富岳」成果創出加速プログラム「プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進」でワークショップを開催しました。
    「富岳」で目指すシミュレーション・AI駆動型次世代医療・創薬
    2023/3/9 ハイブリッド 開催

  • 2022.08.03 インフォメーション

    奥野教授が講演します。
    神戸リサーチコンプレックス協議会シンポジウム 市民の健康データを活用したデータサイエンスの社会実装
    「AI が拓くデータ駆動型ヘルスケアの未来」

    ■日 時:2022年8月26日(金)14:00~17:00(17:00~名刺交換会予定)
    ■形 式:リアル&ZOOMウェビナー開催 ※新型コロナウイルスの感染状況次第でオンライン開催のみになる可能性があります。
    ■会 場:三井住友銀行 神戸本部ビル 3階 大会議室 (兵庫県神戸市中央区浪花町 56)
    ■主 催:神戸リサーチコンプレックス協議会
    ■共 催:株式会社三井住友銀行
    ■参加費:無料
    ■お申し込み参加フォーム(締切8/24)
    ■お問い合わせ:神戸リサーチコンプレックス協議会事務局(神戸市)
    kobecity-rc@office.city.kobe.lg.jp
    ■詳細はこちら

  • 2022.05.12 インフォメーション

    大学院へ入学を希望する方を対象に、大学院説明会 を開催します。

    主催: 京都大学大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 総合医療科学コース

    日時: 2022年 5月 28日 (土) 13:00〜15:00

    場所: Zoom にて開催

    詳細:https://mms.hs.med.kyoto-u.ac.jp/

  • 2021.02.10 インフォメーション

    COVID-19重症者予測と地域間医療シェアリングの最適化シミュレーションの最新結果

    2021年2月10日現在,日本全国のコロナ感染者数は減少傾向です.そのため,2021年2月10日を持ちまして,更新を終了させていただきます.

    2021年02月07日予測結果

    2021年02月06日予測結果

    2021年02月05日予測結果

    2021年02月03日予測結果

  • 2020.07.22 インフォメーション

    事務補佐員の求人を公開しました。

    京都大学求人ページ

    ●教職員公募 職種別(職員)
    http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/about/acceptance/other/staff
    ●教職員公募 勤務部署別
    http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/about/acceptance/other/busyo
    ●教職員公募 勤務地別
    http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/about/acceptance/other/campus

    ハローワーク求人ページ
    https://hello-work.info/job/amp/2601019004301/?utm_campaign=google_jobs_apply&utm_source=google_jobs_apply&utm_medium=organic 

  • 2020.02.17 インフォメーション

    事務補佐員の公募が掲載されました。

    詳細はこちら

  • 2025.10.20 講演

    奥野教授が講演しました。
    潜在空間分⼦設計 第 2 回リトリート
    2025/10/20 鶴岡市先端研究産業支援センター・鶴岡メタボロームキャンパス(山形県鶴岡市)
    「AIは創薬を変革できるのか」

  • 2025.10.18 講演

    奥野教授が講演しました。
    第63回日本癌治療学会学術集会
    2025/10/18 パシフィコ横浜
    【講演】会長企画シンポジウム11「AI が切り拓く未来のがん研究と個別化医療」
        「AI は創薬に変革をもたらすのか」

    【座長】領域横断ワークショップ9「AI の医療実装は臨床をいかに変革するか」

  • 2025.10.17 講演

    奥野教授が講演しました。
    POWTEX2025
    2025/10/17 インテックス大阪 5号館 Dルーム
    AI技術利用に関するセミナー「ものづくりにおけるAIの活用」
    「AI/DXで拓く創薬・医療の未来」

  • 2025.10.15 講演

    奥野教授が講演しました。
    CEATEC2025
    2025/10/15 幕張メッセ(千葉)
    AXパークステージ:スーパーコンピュータによる「AI for Science」取り組み最前線
    「AI/DXで拓くデータ駆動型創薬の未来」

  • 2025.10.10 講演

    奥野教授が講演しました。
    BioJpana2025
    2025/10/10 パシフィコ横浜
    【講演】京都大学とKSAC共同ブース ミニセミナー
        「創薬におけるAIの現状と未来」

    【コーディネーター】主催者セミナー「AIによる低分子創薬の革新」

  • 2025.10.09 講演

    奥野教授が講演しました。
    第45回NIHS特別講演会
    2025/10/9 日国立医薬品食品衛生研究所・オンライン(ハイブリッド開催)
    「AI/DXで拓くデータ駆動型創薬の未来」

  • 2025.10.04 講演

    奥野教授が講演しました。
    理化学研究所 一般公開in神戸
    2025/10/4 神戸臨床研究情報センター(R-CCS)
    理研主催「中高生のための特別授業」
    「薬学と人工知能ー新たな創薬で病を滅すー」

  • 2025.09.25 講演

    奥野教授、荒木望嗣 特定准教授が講演しました。
    第63回日本生物物理学会年会(国際学会)
    2025/9/25 奈良県コンベンションセンター
    スーパーコンピュータ「富岳」による創薬と医療の促進(オーガナイザー 荒木特定准教授、横浜市立大学・寺山准教授)
    「Molecular Dynamics Simulation Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase.」

  • 2025.09.23 講演

    荒木望嗣 特定准教授が講演しました。
    第5回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
    2025/9/23 奈良県コンベンションセンター
    招待講演1「分子シミュレーションに基づく次世代創薬計算技術の開発とゲノム医療への応用」

  • 2025.06.26 講演

    奥野教授が講演しました。
    Japan Healthカンファレンス
    2025/6/26 インテックス大阪 6号館 会場B
    「ビッグデータを活用した次世代医療」セッション
    「AI が拓くデータ駆動型医療の未来」

  • 2025.02.06 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Mineharu Y, Kamata T, Tomoto M, Sato N, Tamada Y, Funaki T, Oichi Y, Harada KH, Koizumi A, Kimura T, et al., 
    “Peripheral blood GATA2 expression increases RNF213 mutation penetrance and clinical severity in moyamoya disease”
    International Stroke Conference, 2025/2/6, Los Angeles Convention Center | Los Angeles, California

  • 2025.01.23 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    S Chiba, T Yamane, M Ikeguchi, M Ohta, 
    “Parallel Bayesian Optimization of Atomic-Level Interaction Descriptors for Protein Modeling”
    The 7th R-CCS International Symposium, 2025/1/23, KOBE International Conference Center

  • 2025.01.22 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    峰晴陽平, 奥野恭史, 
    シンポジウム
    「AIによる過去・現在・未来の可視化がもたらすヘルスケア・医療イノベーション」
    第2回 Medical Innovation Centerで拓く未来医療のためのデジタルイノベーション, 2025/1/22,

    京都大学メディカルイノベーションセンター 1階セミナー室開催およびZoom配信(ハイブリッド開催)

  • 2024.12.18 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    小山 拓豊, 津村 颯人, 沖田 龍之介, 山崎 公裕, 河東 孝, 長谷川 亜樹, 岩田 浩明, 小島 諒介, 松本 篤幸, 奥野 恭史, 
    「ケミカルゲノミクス言語モデルを用いた化合物-タンパク質間相互作用の大規模予測」
    第47回ケモインフォマティクス討論会, 2024/12/18, 金沢商工会議所会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    A Kikuchi, T Ekimoto, T Yamane, S Chiba, K Shimizu, S Fujii, M Ikeguchi, 
    “Antigen recognition by predicting the three-dimensional structure of killer T cell-derived T cell receptors”
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    千葉峻太朗, 邦武克彦, 青木吉嗣, 横田俊文, 奥野恭史, 
    「エクソンスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーデータベースとスキップ効率予測」
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.13 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    山根努, 大田雅照, 池口満徳, 
    「2次元レプリカ交換シミュレーションによる環状ヘキサペプチドの膜透過過程の解析」
    第52回構造活性相関シンポジウム, 2024/12/12-13, 川崎市産業振興会館

  • 2024.12.07 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Yohei Mineharu, Yuki Oichi, Tohru Tezuka, Miki Yoshioka, Kuan-Chun Lan, Wataru Fujibuchi, Harunobu Kagawa, Tomoko Matsumoto, Satoshi Ueha, Shigeyuki Shichino, Maria Jose Lopez Iniesta, Silsu Park, Yoshiki Arakawa, Akio Koizumi, Susumu Miyamoto, Makoto Ikeya, Knut Woltjen, Jun K Yamashita, Shohab Youssefian, 
    “Correcting RNF213 mutations in iPS cells uncovers gene dysregulation contributing to partial EndMT in moyamoya disease”
    CVMW (Cardiovascular metabolism week) 2024, 2024/12/7, ステーションコンファレンス東京

  • 2024.12.06 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Yohei Harada, Minoru Sakuragi, Yusuke Koyanagi, Seiji Okajima, Hirofumi Suzuki, Kentaro Kanamori, Masahiro Asaoka, Kouji Kurihara, Takuya Takagi, Koji Maruhashi, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, 
    “Subgrouping Causal Networks of Disease Onset in Large-scale Health and Medical Data using Supercomputer Fugaku.”
    IEEE BIBM 2024 International Workshop on Foundations of Network Analysis, 2024/12/3-6, Lisbon, Portgual

  • 2024.11.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    千葉峻太朗, 小湊みのり, 邦武克彦, 青木吉嗣, 横田俊文, 奥野恭史, 
    「エクソンスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーデータベースおよびスキップ効率予測」
    2024年度疾患モデルを駆使した筋ジストロフィーの治療法開発研究班会議, 2024/11/25, NCNP教育研修棟(東京)