• Department of Biomedical Data Intelligence,
    Graduate School of Medicine, Kyoto University

    当研究室では、京大病院の実臨床データを用いた医療ビッグデータ解析・医療シミュレーションや、スーパーコンピュータ「富岳」を用いた創薬シミュレーション・ビッグデータ創薬の新たな方法論開発に取り組み、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指しています。

Drug discovery創薬

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Medical医療

新着情報

  • 2024.09.21 講演

    奥野教授が講演しました。
    第29回日本糖尿病教育・看護学会学術集会
    2024/9/21 国立京都国際会館
    特別講演「AI・ビッグデータが拓く医療の新しいカタチ」

  • 2024.09.20 講演

    奥野教授が講演しました。
    ARO協議会第11回学術集会
    2024/9/20 神戸国際会議場
    特別講演「AI・シミュレーションが画期的新薬を生み出す未来」

  • 2024.09.16 講演

    奥野教授が講演しました。
    日本薬物動態学会第39回年会/26th North American ISSX Meeting(日米合同薬物動態学会)
    2024/9/15 Hilton Hawaiian Village, Waikiki Beach Resort, Honolulu, Hawaii, USA
    Keynote Lecture「AI platform to accelerate drug discovery」

  • 2024.09.06 講演

    奥野教授が講演しました。
    神戸リサーチコンプレックス協議会シンポジウム「データで導くヘルスケアイノベーション」
    2024/9/6 スペースアルファ三宮(神戸)および Zoomウェビナー(ハイブリッド開催)
    基調講演「生成AI時代のヘルスケアDX」

  • 2024.09.03 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Yohei Harada, Minoru Sakuragi, Yusuke Koyanagi, Seiji Okajima, Hirofumi Suzuki, Kentaro Kanamori, Masahiro Asaoka, Kouji Kurihara, Takuya Takagi, Koji Maruhashi, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno,  “Subgrouping Causal Networks of Disease Onset in Large-scale Health and Medical Data using Supercomputer Fugaku”, RIKEN Summer School 2024,  2024/9/2-3, Kobe, Japan

  • 2024.08.27 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Tomoki S, Yohei M, Takeshi F, Yasutaka F, Hideo C, Silsu P, Kota N, Yasuzumi M, Masakazu O, Takayuki K, Yoshiki A, RNF213 Mutation Associated with the Progression from Middle Cerebral Artery Steno-Occlusive Disease to Moyamoya Disease, Translational stroke research, Advance online publication, 2024/8/27, doi:10.1007/s12975-024-01293-2

  • 2024.08.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    森脇圭, 中村和貴, 石田高志, 内野詠一郎, 奥野恭史, 玉田嘉紀, 伊東健, 村下公一, 三上達也, 中路重之,「弘前市岩木地区住民における睡眠とインフルエンザ罹患との関連 -免疫力向上に対する寄与への検討-」, 第32回体力·栄養·免疫学会大会 , 2024/8/25, 別府大学 大分

  • 2024.08.21 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Tatsuki Yamamoto, Yuzuha Tsuji, Minoru Sakuragi , Yuji Okamoto , Mayumi Kamada , Yasushi Okuno,  “What Happens to Cancer Patients before They Die? Extracting the Dynamics of Mortality Factors using Machine Learning”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    Takuto Koyama, Hayato Tsumura, Shigeyuki Matsumoto, Ryunosuke Okita, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno,  “ChemGLaM: Compound-Protein Interaction Prediction Using Large Language Models”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    Hyeri Lim, Shigeyuki Matsumoto, Shuntaro Chiba, Tsutomu Yamane, Masateru Ohta, Yasushi Okuno,  “Evaluation of Protein-Peptide Docking Models Using Large Language Models and Interaction Descriptors”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    池上 莉理子, 内野 詠一郎, 小島 諒介, 玉田 嘉紀, 三上 達也, 村下 公一, 中路 重之, 奥野 恭史,  “弘前健診データを用いた個人の「生活習慣ー疾患発症ネットワーク」の時系列推移パターン解析”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    小林 侑大, 大塚 教雄, 奥野 恭史,  “量子化学計算情報の深層学習による分子間相互作用エネルギーの高精度・高効率予測”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

  • 2024.08.21 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Hosoya K, Ozasa H, Tanji M, Yoshida H, Ajimizu H, Tsuji T, Yoshida H, Terada Y, Sano N, Mineharu Y, et al., Performance status improvement and advances in systemic treatment after brain metastases resection: a retrospective single-center cohort study of non-small cell lung cancer patients, BMC Cancer, 2024;24(1):1030, 2024/8/21, doi:10.1186/s12885-024-12798-2

  • 2024.08.06 講演

    千葉峻太朗 研究員が講演しました。
    SS研HPCフォーラム2024「 HPC、どう使ってる? ~HPCをもっと楽しもう!~ 」
    2024/8/6 東京(富士通ソリューションスクエア) および オンライン配信(Zoom)によるハイブリッド開催
    「創薬DXプラットフォーム」

  • 2024.08.27 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Tomoki S, Yohei M, Takeshi F, Yasutaka F, Hideo C, Silsu P, Kota N, Yasuzumi M, Masakazu O, Takayuki K, Yoshiki A, RNF213 Mutation Associated with the Progression from Middle Cerebral Artery Steno-Occlusive Disease to Moyamoya Disease, Translational stroke research, Advance online publication, 2024/8/27, doi:10.1007/s12975-024-01293-2

  • 2024.08.21 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Hosoya K, Ozasa H, Tanji M, Yoshida H, Ajimizu H, Tsuji T, Yoshida H, Terada Y, Sano N, Mineharu Y, et al., Performance status improvement and advances in systemic treatment after brain metastases resection: a retrospective single-center cohort study of non-small cell lung cancer patients, BMC Cancer, 2024;24(1):1030, 2024/8/21, doi:10.1186/s12885-024-12798-2

  • 2024.06.26 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Nishiwaki S, Shizuta S, Inoue T, Morinaga A, Yoneda F, Tanaka M, Aizawa T, Kohjitani H, Ono K, Prevalence and characteristics of atrioventricular nodal reentrant tachycardia with a bystander concealed nodoventricular/nodofascicular pathway, Heart Rhythm, S1547-5271(24)02823-6,  2024/6/26, doi:10.1016/j.hrthm.2024.06.049

  • 2024.05.30 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Ryosuke Kojima, Yohei Mineharu, Mikio Arita, Nobuyuki Miyai, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno, Out-of-distribution Reject Option Method for Dataset Shift Problem in Early Disease Onset Prediction. arXiv.org. 2024;09:14:01, 2024/5/30, doi.org/10.48550/arXiv.2405.19864

  • 2024.05.20 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Suzuki, M., Mineharu, Y., Okawa, M., Yoshida, K., Nagata, M., Yang, T., Suzuki, K., Takayama, N., Yamamoto, Y., Tabara, Y., Miyamoto, S., Arakawa, Y., & Matsuda, F. (2024). Common and distinct risk profiles of asymptomatic extra- and intracranial atherosclerosis in the Nagahama cohort, Journal of Stroke and Cerebrovascular Diseases, 33(8), 107782.Advance online publication, 2024/5/20, doi:10.1016/j.jstrokecerebrovasdis.2024.107782

  • 2024.05.15 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Tanaka M, Kohjitani H, Yamamoto E, Morimoto T, Kato T, Yaku H, Inuzuka Y, Tamaki Y, Ozasa N, Seko Y, Shiba M, Yoshikawa Y, Yamashita Y, Kitai T, Taniguchi R, Iguchi M, Nagao K, Kawai T, Komasa A, Kawase Y, Morinaga T, Toyofuku M, Furukawa Y, Ando K, Kadota K, Sato Y, Kuwahara K, Okuno Y, Kimura T, Ono K; KCHF Study Investigators., Development of interpretable machine learning models to predict in-hospital prognosis of acute heart failure patients, ESC Heart Fail., Advance online publication, 2024/5/15, doi:10.1002/ehf2.14834

  • 2024.05.15 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Bekker GJ, Oshima K, Araki M, Okuno Y, Kamiya N, CBinding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking, Journal of Chemical Information and Modeling, 2024;64(10):4158-4167, 2024/5/15, doi:10.1021/acs.jcim.4c00100

  • 2024.05.08 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Nishiwaki S, Shizuta S, Kohjitani H, Ono K, Insight from the microelectrodes in case of two different types of premature ventricular contractions originating from left ventricular summit, Indian Pacing and Electrophysiology Journal, 2024;24(4):212-216, 2024/5/8, doi:10.1016/j.ipej.2024.05.001

  • 2024.04.26 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Inoue M, Ekimoto T, Yamane T, Ikeguchi M, Computational Analysis of Activation of Dimerized Epidermal Growth Factor Receptor Kinase Using the String Method and Markov State Model, Journal of chemical information and modeling, 2024;64(9):3884-3895, 2024/4/26, doi:10.1021/acs.jcim.4c00172

  • 2024.04.24 論文

    奥野Gメンバーの研究論文が発表されました

    Ikeda, S., Sakata, A., Arakawa, Y., Mineharu, Y., Makino, Y., Takeuchi, Y., Fushimi, Y., Okuchi, S., Nakajima, S., Otani, S., & Nakamoto, Y., Clinical and imaging characteristics of supratentorial glioma with IDH2 mutation, Neuroradiology, 2024;66(6):973-981, 2024/4/24, doi:10.1007/s00234-024-03361-8

  • 2023.10.23 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    内野 詠一郎, 奥野 恭史, 「AIの臨床応用」、BIO Clinica 2023年 11月号 医療におけるデジタルトランスフォーメーションの新展開 , 北隆館 , 38(12) , 1006-1010 , 2023年10月23日

     

  • 2023.10.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    荒木望嗣, 「タンパク質の分子動力学シミュレーションに基づく創薬計算技術の開発とゲノム医療分野での応用研究」、SAR News No.45, Cutting Edge, p10-18, 2023年10月1日

     

  • 2023.07.31 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    峯本祥子,奥野恭史 , 第6章 In silicoによるスクリーニングへの応用事例、第11節 スーパーコンピュータ「富岳」によるIn silico創薬 . タンパク質構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例 , 技術情報協会 , No.2206, 2023年7月31日

     

  • 2023.07.31 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    岩田浩明, 第6章 In silicoによるスクリーニングへの応用事例、第6節 ディープラーニングを用いた化合物―タンパク質の相互作用予測 . タンパク質構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例 , 技術情報協会 , No.2206, 2023年7月31日

     

  • 2023.04.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    奥牧人, 山下洋史, 岡本有司, 合原一幸., DNB 理論とその応用, 特集 未病の科学 Ⅰ. 未病の数理研究 生体の科学, 74(2), 96-101., 2023年4月

     

  • 2023.01.25 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    岡本 有司 ,「 医療リソースシミュレーション」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4 , 2023年1月

  • 2023.01.25 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    松本 篤幸 ,「 大規模MD計算によるCOVID-19治療薬探索」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4,2023年1月

  • 2023.01.25 執筆

    奧野恭史教授の執筆が掲載されました。
    総論 COVID-19から学ぶシミュレーションの可能性」特集:新型コロナウイルスとシミュレーション . Precision Medicine 6(2), 1-4 ( 2023年1月発行)

  • 2023.01.20 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    松本 篤幸 「クライオ電子顕微鏡計測データからタンパク質の柔らかさを推定するAIシステム「DEFMap」の開発」, クライオ電子顕微鏡ハンドブック  , エヌ・ティー・エス , 第7章第1節 , 2023年1月20日

     

  • 2023.01.01 執筆

    奧野Gメンバーの執筆が掲載されました。
    糀谷泰彦, 小清水宏, 中村和貴, 奥野恭史 「AIと高血圧」 日本臨牀  , 日本臨牀社 , vol.81 , p55-59 , 2023年1月1日

     

  • 2024.09.03 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    Taisei Tosaki, Eiichiro Uchino, Yohei Harada, Minoru Sakuragi, Yusuke Koyanagi, Seiji Okajima, Hirofumi Suzuki, Kentaro Kanamori, Masahiro Asaoka, Kouji Kurihara, Takuya Takagi, Koji Maruhashi, Yoshinori Tamada, Tatsuya Mikami, Koichi Murashita, Shigeyuki Nakaji, Yasushi Okuno,  “Subgrouping Causal Networks of Disease Onset in Large-scale Health and Medical Data using Supercomputer Fugaku”, RIKEN Summer School 2024,  2024/9/2-3, Kobe, Japan

  • 2024.08.25 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    森脇圭, 中村和貴, 石田高志, 内野詠一郎, 奥野恭史, 玉田嘉紀, 伊東健, 村下公一, 三上達也, 中路重之,「弘前市岩木地区住民における睡眠とインフルエンザ罹患との関連 -免疫力向上に対する寄与への検討-」, 第32回体力·栄養·免疫学会大会 , 2024/8/25, 別府大学 大分

  • 2024.08.21 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Tatsuki Yamamoto, Yuzuha Tsuji, Minoru Sakuragi , Yuji Okamoto , Mayumi Kamada , Yasushi Okuno,  “What Happens to Cancer Patients before They Die? Extracting the Dynamics of Mortality Factors using Machine Learning”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    Takuto Koyama, Hayato Tsumura, Shigeyuki Matsumoto, Ryunosuke Okita, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno,  “ChemGLaM: Compound-Protein Interaction Prediction Using Large Language Models”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    Hyeri Lim, Shigeyuki Matsumoto, Shuntaro Chiba, Tsutomu Yamane, Masateru Ohta, Yasushi Okuno,  “Evaluation of Protein-Peptide Docking Models Using Large Language Models and Interaction Descriptors”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    池上 莉理子, 内野 詠一郎, 小島 諒介, 玉田 嘉紀, 三上 達也, 村下 公一, 中路 重之, 奥野 恭史,  “弘前健診データを用いた個人の「生活習慣ー疾患発症ネットワーク」の時系列推移パターン解析”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

    小林 侑大, 大塚 教雄, 奥野 恭史,  “量子化学計算情報の深層学習による分子間相互作用エネルギーの高精度・高効率予測”, LINC SHOWCASE 2024 Summer, 2024/8/21, グランフロント大阪

  • 2024.07.19 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    峰晴 陽平, 鎌田 貴彦, 戸本 芽生, 佐藤 憲明, 玉田 嘉紀, 舟木 健史, 原田 浩二, 木村 哲晃, 井上 逸郎, 尾市 雄輝, 朴 実樹, 笹ヶ迫 知紀, 奥野 恭史, 宮本 享, 荒川 芳輝,「末梢血のGATA2の発現上昇がRNF213変異の浸透率上昇ともやもや病の重症化に関連する」, 第24回日本分子脳神経外科学会 , 2024/7/19, ホテルマリターレ創世 佐賀

  • 2024.07.16 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    Takuto Koyama, Hayato Tsumura, Ryunosuke Okita, Ryosuke Kojima, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno,  “ChemGLaM: Chemical Genomics Language Models for Compound-Protein Interaction Prediction”, ISMB 2024 MLCSB,  2024/7/12-16, Montreal, Canada

  • 2024.06.12 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Takuto Koyama, Hayato Tsumura, Shigeyuki Matsumoto, Ryunosuke Okita, Ryosuke Kojima, Yasushi Okuno,  “ChemGLaM: Compound-Protein Interaction Prediction Using Large Language Models”, 第24回日本蛋白質科学会年会, 2024/6/11, 札幌コンベンションセンター

    TNatsuki Kanazawa, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Hiroaki Iwata, Biao Ma, Mitsugu Araki, Kei Terayama, Yasushi Okuno,  “Prediction of Compound-Protein Interaction by Large-Scale Short-time Molecular Dynamics Simulations”, 第24回日本蛋白質科学会年会, 2024/6/12, 札幌コンベンションセンター

  • 2024.05.31 学会発表

    奥野Gメンバーが学会でポスター発表を行いました。

    大島 将, 岡本 有司, 原田 陽平, 鎌田 真由美, 奥野 恭史,  「グラフ間距離に基づく遺伝子制御ネットワークの重要遺伝子抽出法の提案」, 第38回人工知能学会全国大会,  2024/5/31, アクトシティ浜松

  • 2023.10.27 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    笹ケ迫 知紀 ,「深層学習に基づく GBMのKPS低下予測モデルの構築」, 第82回 日本脳神経外科学会総会 , 2023/10/27 ,パシフィコ横浜(神奈川)

  • 2023.10.26 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    大田 雅照 ,「「富岳」を機軸とした創薬DXプラットフォームの構築」, 第10回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会 , 2023/10/25-26 ,品川グランドセントラルタワー THE GRAND HALL

  • 2023.10.24 学会発表

    奥野Gメンバーが学会で発表を行いました。

    【ポスター発表】

    Iwata H, Nakai T, Koyama T, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y,  “A New Molecular Generation Model Combining Deep Learning and Reinforcement Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Ito S, Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y,  “Exploring Chemical Structural Insight of ADME Properties via Interpretable Deep Learning “, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Tatsuki Yamamoto, Yuzuha Tsuji, Minoru Sakuragi , Yuji Okamoto , Mayumi Kamada , Yasushi Okuno,  “Elucidation of Mortality Triggers Using Temporal Predictive Models”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    【口頭発表】

    Yoshizawa T,Ishida S,Sato T,Ohta M,Honma T,Terayama K,”Multi-objective Molecular Structure Generation Using Dynamic Applicability Domains Adaptation.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Hatano N,Kamada M,Kojima R,Iwata H,Okuno Y.,”Application of Machine Learning Models in Prediction of Disease Therapeutic Target Molecules Using Gene Expression Profiles.”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀

    Koyama T, Iwata H, Matsumoto S, Kojima R, Otsuka T, Hasegawa A, Okuno Y. ,”Insight into Federated Learning for Compound-Protein Interaction Prediction”, 情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023) , 2023/10/24-25 ,タワーホール船堀