教育フォーラム 事前準備

教育シンポジウム 実践チュートリアルの事前準備

 

第53回 癌治療学会学術集会 教育シンポジウム (平成27年10月29日) での実践チュートリアルに際し、ご自身のPCでも解析を実行していただくための事前準備について紹介します。

行っていただくのは、

① Rの準備(本体のインストールとパッケージのインストール)

②サンプルデータとスクリプトのダウンロードです。

 

① 統計解析ソフト R の準備

・R本体のインストール

  以下の流れで、Rをご自身のPCにインストールしてください。

★ Windowsの場合 ★

  1. RのWondows版 ダウンロードサイト(https://cran.r-project.org/bin/windows/base/) にアクセスします。

  

  2. Download R 3.2.2 for Windows を選択し、ダウンロードしてください。 (およそ65MB)

  3.  ダウンロードしたものをダブルクリックし、指示に従ってインストールしてください。

 

★ Macの場合

 1. Rのダウンロードサイト(http://cran.ism.ac.jp) にアクセスし、Download R for (Mac) OS X を選択します。

  

  2. R-3.2.2.pkg  を選択し、ダウンロードします。 (およそ73MB)

  

  3.  ダウンロードしたものをダブルクリックし、指示に従ってインストールしてください。

 

(参考)インストールの手順を説明しているサイト:

     Windows : http://cse.niaes.affrc.go.jp/miwa/ja/R/setupReasy/

     Mac : http://bi.biopapyrus.net/media/R_install_mac.pdf

 

・Rのパッケージのインストール

チュートリアルでは、標準インストールだけでは使えない以下の3つのパッケージを使います。

  • gplots,  pvclust,  amap

1. 上記 3つのパッケージをインストールする手順をスクリプトにまとめましたので、以下のリンクを右クリックしてわかりやすい場所に保存してください。

2.  保存できたら、先ほどインストールしたRのアイコンをクリックして起動します。

3. Rが起動したら、Windows の場合は「ファイル」→「ディレクトリの変更」(Macの場合は「その他」→ 「作業ディレクトリの変更」)を選び、ファイルを保存したフォルダを指定します。

4.  ディレクトリを変更したら、 コンソール上で、source("pkginstall.r")  とタイプしてください。

下記のようにメッセージが出てきます。

5. library("pvclust")などとタイプしてみて、何もエラーが出なければ成功です。

※ スクリプトを使わなくても、各パッケージは、Rを起動した後に、install.packages("gplots")などと打つことでインストールできます。

 

② サンプルデータのダウンロード

新しいフォルダを作成し、チュートリアルで用いるサンプルデータとRスクリプトをダウンロードし、保存します。

ここでは、demo という名前のフォルダを作成し、データを保存する例を示します。

1. わかりやすい場所に demo という名前の新規フォルダを作成します。

2.  Clinical Bioinformatics Forum (http://clinfo.med.kyoto-u.ac.jp/clionco/node/2) の 第53回癌治療学会学術集会 資料 のページにアクセスします。

3. 実践チュートリアル の 2. 体細胞性コピー数変化 (Somatic Copy Number Alteration, SCNA) 解析 と 3. 遺伝子発現解析と体細胞変異解析 の項目にある、Rスクリプトとサンプルデータを右クリックします。

4. 別名で保存を選択し、先ほど作成したフォルダを指定し、保存します。

 

★ チュートリアルでは、TCGAの論文で使用された変異データも使用します。

可能であれば、下記のTCGAのページから、UCEC_Somtic_Mutaitons をダウンロードしておいてください。

https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/ucec_2013/

 

当日のチュートリアルでは、データとスクリプトを保存したフォルダを、Rの作業フォルダに指定し、解析を行います。

すべてのファイルは必ず同じフォルダに保存するようにしてください。